真核转录组测序
技术优势
任意物种的全转录组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因或基因组信息,能够直接对任何物种进行全面的转录组分析;
覆盖度高:数字化信号,直接测定几乎所有转录本片段的序列;
检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;
分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异;
检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。
产品应用
医学上的应用方向——
农学上的应用方向 ——
研究内容
一、无参考序列物种
标准信息分析:
1. 测序数据过滤;
2. 转录组de novo组装;
3. Unigene七大功能数据库注释;
4. Unigene的CDS预测;
5. Unigene的TF编码能力预测;
6. Unigene的SSR检测;
7. Unigene表达量计算(基因表达水平、PCA分析、基因表达水平箱线图和密度图、样品间的表达量韦恩图);
8. 时间序列分析;
9. 差异表达基因检测;
10. 差异表达基因聚类分析;
11. 差异表达基因GO功能分析;
12. 差异表达基因Pathway功能分析;
13. 差异基因蛋白互作分析;
14. 真菌致病基因预测 (真菌样本);
15. 植物抗病基因预测(植物样本)。
定制化信息分析:
1. 可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
二、有参考序列物种
标准信息分析:
1. 基本数据统计① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息,② 样品相关性,③ 表达量分布,④ RNA分类;
2. 参考基因组比对;
3. mRNA鉴定;
4. mRNA定量分析;
5. mRNA差异表达分析(样本间、组间);
6. mRNA表达/差异基因聚类;
7. mRNA差异基因GO分类、富集;
8. mRNA差异基因KEGG分类、富集;
9. mRNA结构分析:可变剪切分析;
10. mRNA结构分析:融合基因分析(仅限人)。
Dr.Tom信息分析:
一)数据库注释
1. 转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB);
2. GSEA分析;
3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释;
二)互作网络分析
1. 靶基因分析① miRNA-mRNA靶向关系分析,② lncRNA-mRNA靶向关系分析;
2. ceRNA互作网络分析;
3. 蛋白互作网络分析;
4. 共表达互作网络分析;
三)特色分析
1. 自定义标签和自有数据上传;
2. 外部数据库信息(TCGA、ARCHS4);
3. 关键驱动基因网络图分析;
4. 时间序列分析。
(*以上分析内容为部分物种可做。)
定制化信息分析 :
1. 可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容
单位名称: |
详细地址:
深圳市盐田区北山工业区华大综合园7栋
|
qq:
|
官网: |
联系电话: |
Email: |