UMI Small RNA 测序
技术优势
1. 实验方法升级,数据库更新,sRNA定量结果更可靠
建库引入UMI技术,实现无偏向的精确定量,矫正原有70%的reads定量偏差;采用权威miRBase数据库、KEGG数据库;
2. 实验技术经验丰富,低起始量成功率高,技术重复性高
已完成350多种不同物种的项目,常规样本单次建库只需100ng,血清血浆样本只需20ng;小RNA样本实现最低1 ng起始量;低起始量建库成功率达95%;建库、测序技术重复性高;
3. 多样的样品类型,满足多角度研究需求
接收除常规样品以外的血清、血浆样品、组织液样品、FFPE样品、外泌体、RIP富集RNA等多种类型;
4. Dr.Tom系统交付,多种个性化分析任您选
采用Dr.Tom多组学数据挖掘系统,10大数据库注释,多维度结果图片展示,数据图表循环挖掘;
5. 无忧解决售后
可根据客户需求进行贴身个性化服务,为文章撰写提供技术服务。
研究内容
利用DNBSEQ平台,对富集到的18-30nt的小RNA片段进行测序,对获得的有效数据进行序列长度分布统计,将筛选后的高质量序列分类注释,从而获得样品中包含的各组分及表达量信息,并对所有小RNA片段进行注释,对miRNA进行靶基因预测等分析。
标准信息分析
1. 数据产出统计,对原始信息采集数据去接头污染,去低质量reads
2. small RNA 信息采集结果的长度分布
3. small RNA在选定的参考基因组上的分布
4. small RNA分类统计
5. miRNA定量分析
6. miRNA差异表达分析
7. miRNA表达/差异表达聚类分析
8. miRNA靶基因分析
9. 差异miRNA 靶基因GO 注释和KEGG 通路分析
高级信息分析
一)数据库注释
1. 转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)
2. GSEA分析
3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释
二)互作网络分析
1. 靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向关系分析
② lncRNA-mRNA靶向关系分析
2. ceRNA互作网络分析
3. 蛋白互作网络分析
4. 共表达互作网络分析
三)特色分析
1. 外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)
2. 关键驱动基因网络图分析
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深圳市盐田区北山工业区华大综合园7栋
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