其中蛋白质磷酸化（Phosphorylation）是最常见、最重要的一种蛋白翻译后修饰方式，发生在蛋白质丝氨酸、苏氨酸以及酪氨酸上，它由两个作用相反的酶系——蛋白激酶和磷酸酶进行调控。
蛋白磷酸化修饰分析技术，主要包括蛋白磷酸化鉴定（纯化蛋白磷酸化鉴定/磷酸化蛋白全谱鉴定）和蛋白磷酸化定量。华大基因的蛋白磷酸化定量产品主要包括以下几种。

    （1）蛋白磷酸化修饰标记定量

       蛋白磷酸化修饰标记定量是基于高精度、高灵敏度质谱仪，将iTRAQ/IBT/TMT定量技术与TiO2富集技术相结合，对生物体的修饰蛋白进行鉴定并相对定量，从而达到研究生物体内修饰蛋白质组动态变化与集体表型改变之间关系的目的。

图1 蛋白磷酸化修饰iTRAQ定量技术路线

     （2）蛋白磷酸化修饰4D-DIA非标记定量
基于DIA全景扫描的无偏模式，DIA磷酸化蛋白质组得以突破传统DDA的限制，能够有效解决磷酸化修饰定性定量的难题，推进磷酸化分析向更高鉴定深度、更高定量重复性和定量准确性的方向发展。4D技术在原有保留时间、质荷比和离子强度的基础上，增加了离子淌度（CCS），在检测过程中能够进一步降低待测样本的复杂程度，显著提高了对蛋白修饰的检测能力，4D技术加持下的DIA磷酸化蛋白组技术，实现了对磷酸化蛋白的超高深度鉴定和超精准定量。

图2 蛋白磷酸化修饰4D-DIA定量技术路线

     （3）蛋白磷酸化修饰PRM靶向定量分析

       PRM（parallel reaction monitoring），平行反应监测技术，通过串联质谱，有目的地筛选目标蛋白肽段进行定量的靶向蛋白质组研究策略之一。PRM和MRM（multiple reaction monitoring，或SRM，selected reaction monitoring）技术类似，都可作为目标蛋白定量研究策略，需要先通过一级质谱将目标蛋白的肽段筛选出来；不同的是，在二级质谱时，PRM会将目标肽段所有碎裂的子离子信号进行采集，而MRM只采集筛选到的特定子离子信号，通过液质联用（LC-MS/MS）的方式，主要对感兴趣的磷酸化修饰蛋白进行定量验证。

图3 蛋白磷酸化修饰PRM靶向定量技术路线

信息分析内容（以4D-DIA磷酸化为例）