基于质谱的蛋白质、抗体、多肽等样品的序列分析，是对样品氨基酸序列的分析。质谱测序即指基于质谱对样品一级结构氨基酸序列的测定。在进入质谱序列分析之前，我们先对几个定义进行简单的介绍。氨基酸是含有胺（-NH2）和羧基（-COOH）官能团以及每个氨基酸特有的侧链（R基团）的有机化合物。肽是由肽键连接的两个至五十个氨基酸组成的短链。多肽是更长、连续、不分支的肽链，最多可包含约五十个氨基酸的较长的肽链。包含五十个以上氨基酸的多肽/肽链被称为蛋白质。蛋白质由一种或多种以生物学功能基团方式排列的多肽组成，通常可结合至配体（例如辅酶和辅因子），另一种蛋白质，其他大分子（例如DNA或RNA）或更复杂的大分子装配体。抗体（Ab），也称为免疫球蛋白（Ig）则是主要由浆细胞产生的大的Y形蛋白质，被免疫系统用来中和病原体，例如病原细菌和病毒。

基于质谱的蛋白测序
基于质谱的抗体测序
基于质谱的多肽测序

较Edman降解法而言，质谱法测序的优点在于，质谱法更敏感，可以更快地裂解肽，可以识别末端封闭或修饰的蛋白样品。百泰派克生物科技利用现有的高分辨率质谱技术平台，提供以质谱为基础的序列分析服务，可实现对所测定靶蛋白序列100%的覆盖。

质谱测序示意图

蛋白样品序列分析过程一般只会使用Trypsin对蛋白进行酶切，鉴定到的肽段覆盖率大概在60%。为了得到靶蛋白的全部序列信息，百泰派克生物科技会选用在蛋白序列分析过程中常用的6种蛋白酶（Trypsin、Chymotrypsin、Asp-N、Glu-C、Lys-C和Lys-N）分别对靶蛋白进行酶切和质谱测定，在得到碎裂肽段片段的同时，经过肽段之间的拼接完成蛋白序列100%的测定。百泰派克使用Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪实现对蛋白样品的序列分析，Obitrap Fusion Lumos质谱仪是现在分辨率和灵敏度最高的质谱仪，保证了低丰度肽段碎裂片段鉴定的灵敏度；同时在肽段碎裂过程中采取HCD与ETD结合的模式，保证肽段碎裂片段的完整性。可以实现蛋白样品的N端，C端序列分析，蛋白全长序列分析。对未知理论序列的样品，可通过从头测序法进行序列分析。