小分子药物结合靶点蛋白的发现是进行小分子药理解释、小分子减毒增效改造乃至开发出新药的重要基础。中药小分子往往被作为开发新药的先导化合物，其普遍具有多靶点多功效的特性，找到并明确中药小分子的药效靶点对于新药开发领域具有重要意义。现阶段，在众多小分子结合靶点筛选实验中，以生物素标记的小分子为基础的标记法是小分子靶点发现的主流技术。
| 小分子靶点筛选体系
华盈生物建立了基于生物素标记的小分子靶点“双平台”筛选体系。首先，针对不同结构的小分子，设计合理化的生物素探针标记策略是小分子靶点筛选体系中核心环节。小分子结构简单、分子量小、活性位点不明确，在进行生物素标记时需要综合考量空间位阻、潜在活性位点、小分子的标记得率等诸多因素，标记难度非常大。华盈生物的化学合成专家拥有多年药物分析化学和化学合成双重研究背景，我们的小分子生物素标记服务针对每一个化合物进行独立充分的文献调研和标记模拟预测，并出具多套生物素标记方案，最大程度地保证标记实验成功的同时，避免小分子活性的减弱和丢失。
在小分子靶点蛋白筛选阶段，华盈生物提供两套方案可供选择：方案一，将标记生物素的小分子结合荧光与HuProt人类蛋白质组芯片杂交，通过扫描仪确定能够结合小分子的芯片蛋白。该方案最大的优势就是筛选到的靶蛋白即可认定为小分子的直接结合靶点。方案二，将标记生物素的小分子结合SA-琼脂糖珠子与细胞裂解液进行孵育，沉淀小分子结合蛋白后再通过质谱进行对比鉴定。该方案最大的优势就是可以发现存在于细胞内的分子互作蛋白网络。
方案1：Huprot 20K人类蛋白质组芯片策略
HuProt™20K人类蛋白组芯片，芯片上有超过2万种人类全长蛋白质，覆盖81%的人类基因组ORF区，是目前世界上通量最高的蛋白质芯片。重组蛋白采用酵母表达系统，逐个进行表达与纯化鉴定。在芯片上每个蛋白质均设置技术重复，并设有多种质控点，确保实验体系稳定可靠。
采用人类蛋白质组芯片筛选小分子靶点，既能够明确确定小分子与靶点蛋白是直接结合关系。而且，由于芯片上的蛋白质是由酵母表达纯化，蛋白的丰度有保证。因此，该方案还可以发现传统技术在细胞内环境中由于蛋白低丰度问题而难以捕捉的药-靶结合事件。
| 技术路线
| 经典案例：蛋白组芯片发现雷公藤红素多效潜能
方案2：经典Pulldown+MS策略
Pulldown+MS策略，是小分子靶点蛋白筛选的经典策略，该策略最大的优势是能够发现细胞内小分子结合蛋白及其互作网络谱。在华盈生物的技术体系中，我们建议Pulldown+MS策略与人类蛋白质组芯片策略结合起来使用，这样的结合既能够通过芯片技术明确小分子直接结合的靶点蛋白，又可以在质谱技术发现的蛋白互作网络谱基础上，扩大对小分子作用机理的系统认知。
| 技术路线
| 经典案例：Pulldown + MS 发现苏木酮A的蛋白靶点
| 客户文献
[1]. Zhou Wen-Jie, Yang Hui-Li, Mei Jie, et al. Fructose-1,6-bisphosphate prevents pregnancy loss by inducing decidual COX-2 macrophage differentiation. Sci Adv, 2022, 8: eabj2488. IF=14.136
[2]. Wang Guoqing, Li Xingran, Li Na, et al. Icariin alleviates uveitis by targeting peroxiredoxin 3 to modulate retinal microglia M1/M2 phenotypic polarization. Redox Biol, 2022, 52: 102297. IF=11.799
[3]. Zhang Pengfei, Tao Weiwei, Lu Cai, et al. Bruceine A induces cell growth inhibition and apoptosis through PFKFB4/GSK3β signaling in pancreatic cancer. Pharmacol Res, 2021, 169: 105658. IF=7.658
[4]. Yang Lehe, Zhou Feng, Zhuang Yan, et al. Acetyl-bufalin shows potent efficacy against non-small-cell lung cancer by targeting the CDK9/STAT3 signalling pathway. Br J Cancer, 2021, 124: 645-657. IF=7.640
[5]. Zheng Yiyuan, Huang Chaoyuan, Zhao Lina, et al. Regulation of decorin by ursolic acid protects against non-alcoholic steatohepatitis. Biomed Pharmacother, 2021, 143: 112166. IF=6.529
[6]. Chen Wenjin, Jia Weiqiang, Wu Cuiying, et al. The Neurogenic Compound P7C3 Regulates the Aerobic Glycolysis by Targeting Phosphoglycerate Kinase 1 in Glioma. Front Oncol, 2021, 11: 644492. IF=6.244
[7]. Ye Shiju, Luo Wu, Khan Zia A, et al. Celastrol Attenuates Angiotensin II-Induced Cardiac Remodeling by Targeting STAT3. Circ Res, 2020, 126: 1007-1023. IF=17.367
[8]. Chen Xi, Zhao Ying, Luo Wu, et al. Celastrol induces ROS-mediated apoptosis via directly targeting peroxiredoxin-2 in gastric cancer cells. Theranostics, 2020, 10: 10290-10308. IF=11.556
[9]. Chen Xin-Jie, Zhang Wei-Na, Chen Bing, et al. MYC Homoharringtonine deregulates transcriptional expression by directly binding NF-κB repressing factor. Proc Natl Acad Sci U S A, 2019, 116: 2220-2225. IF=11.205
