Label free非标记定量蛋白质组学技术是经典的定量蛋白质组学技术。该技术不使用同位素标记物，而是直接根据质谱峰的强度来对肽段或蛋白进行相对定量。Label free以一级质谱（MS1）为基础，在保留时间轴上，同一个保留时间点可获取多张MS1 谱图。在质荷比（m/z）轴上，可以区分不同肽段的信号。在峰强度轴上，峰面积的大小间接反映肽段含量的多少。最终，利用PD、Maxquant 等软件分析三种参数，综合一个蛋白被质谱检测到的多个多肽的定量信息，给出该蛋白表达综合定量值。
由于Label free技术无需进行繁琐的标记定量前处理，对于样品的损耗较少，也不会受到标记试剂标签数量的限制。因此，对于微量样品（如外泌体、co-IP产物、修饰蛋白组）、大批量队列样品（如血浆、唾液）以及Fast Proteomics（Biomarker研究）的检测，Label free技术尤为适用。该技术在各类文献中应用已经非常广泛。
| 技术路线
| 技术优势
● 检测起始样本量少，耗费低，实验周期短；
● 前处理少，更多保留样本最原始信息；
● 对于低丰度多肽的覆盖程度更高；
● 不受标记试剂盒限制，可进行大批量的样本检测。
| 主要仪器设备
| 项目经验
华盈生物已经完成上百种类型样品的定量蛋白质组学检测，蛋白质组表达具有时空差异性，不同样本的蛋白谱各有特点，下图色块大小代表的是不同样本鉴定的蛋白数量差异。
| 样品要求
| 应用方向
● 发病机理研究
● 药物靶点研究
● 疾病标志物筛选
● 植物品种改良
● 工程菌改造
● 特殊功能蛋白质筛选
| 经典案例
国家蛋白质组中心研究团队利用Lable free技术对84例弥漫性胃癌（DGC）患者的癌与癌旁组织进行了大规模蛋白质组学筛选，从168例样本中共鉴定出11340种基因编码蛋白质（GPs）。经过层层筛选，最终选定了2538种蛋白质建立筛选模型对DGC进行重新分类。结果发现仅仅通过Lable free定量蛋白质组学数据就可以将DGC区分为PX1/PX2/PX3三种亚型。并且这三种亚型引起的功能性蛋白质组变化也各有特点，能够反映不同疾病亚型的发病机理。
同时，该研究重点关注了PX3型的DGC患者预后较差，原因可能在于免疫相关受体或配体蛋白例如PDL1（CD274）、TMEM173 (STING)、ARG1、NT5E、CD40、IDO1、SIRPA、CD276和FCGR1A等在PX3型DGC患者癌组织中高表达。这就为肿瘤免疫抑制剂类的药物施用提供了依据，即通过Lable free定量蛋白质组数据的分析，可以为DGC患者的免疫治疗提供指导。
| 客户文献
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[3]. Congcong Zhu, Long Zhang, Senlin Zhao, et al. UPF1 promotes chemoresistance to oxaliplatin through regulation of TOP2A activity and maintenance of stemness in colorectal cancer. Cell Death Dis. 2021 May 21;12(6):519. IF=8.463
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