SMART-seq

2012 年，由美国和瑞典的科学家共同开发了称为 Smart-Seq（Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript）的技术 [1]。在 2013 年，Nature Methods 杂志上报告了新的方案，被称为 Smart-Seq2[2]，随后在 2014 年他们有公布了详细的操作流程 [3]。获取单细胞并裂解细胞后，含有 oligo-dT 的引物与 mRNA 的 poly- A 结合，逆转录酶 MMLV 进行逆转录，逆转录酶到达 mRNA 5’末端时，MMLV 的末端转移酶活性会在一链 cDNA 的 3'末端增加额外的胞嘧啶，这时 TSO 引物 3' 末端的 rGrG+ G 结合到首链末端的胞嘧啶，然后以首链 cDNA 为模版进行延伸合成互补的第二链，全长 cDNA 经过 PCR 扩增后进一步进行测序文库的构建。

▲SMART-seq2 技术原理

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1、起始量低：1 个细胞起始，适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。

2、覆盖度高： 测序覆盖 cDNA 的全长序列，每个细胞能够获得上万个基因的表达。

3、信息个性化： 除了获得基因表达信息，数据能够用于可变剪接，cSNP 等分析，以及带 poly- A 结构的 lncRNA 研究。

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文库结构

图 SMART-seq2 文库示意图

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建议测序深度及参数

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1、类型：新鲜组织，原代细胞，细胞系等。

2、来源：血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。

3、样本量：单个细胞（或微量细胞）。

4、保存运输：细胞放入 SMART-seq 试剂盒指定的裂解液中，-80°C 保存，干冰运输。

上海伯豪生物技术有限公司（简称：伯豪生物，英文名：Shanghai Biotechnology Corporation）2008 年 12 月成立，是生物芯片国家工程研究中心的有机组成部分，专注于提供专业的生物医药和疾病诊断创新技术、产品和优质服务。

伯豪生物自成立以来获得了国家基因检测技术应用示范中心、国家工信部专精特新“小巨人”企业、院士专家工作站、高新技术企业、上海市研发公共服务平台（负责“上海市高通量疾病标志物服务平台”和“上海市基因芯片专业服务平台”的运营）、上海市服务外包公共平台、上海科技小巨人企业、浦东新区企业研发机构、联合实验室建设等一系列资质，拥有医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证。

伯豪生物于 2016 年入选国家发展和改革委员会首批基因检测技术应用示范中心，与复旦大学附属肿瘤医院、上海市胸科医院、上海市儿童医院、上海生物信息技术研究中心等单位共同承担运行“高发肿瘤及遗传性疾病基因检测示范中心”。

伯豪生物建立了规范化的质量控制体系，通过了 ISO9001:2015 质量技术体系的认证，并参照 GLP- L 的标准，通过 156 个 SOP 文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。

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