MicorRNA solexa数据分析方案

＊基本分析

1.测序结果分类将分为microRNA, piRNA, tRNA, snRNA, rRNA, snoRNA 等，最后绘制饼图分布。

2.计算已知 microRNA 的表达量（序列个数），对于处理-对照实验设计采用Audic Claverie test筛选两个样本间的差异表达microRNA。

3.预测新的 microRNA 基因
我们根据solexa测序得到的未知序列信息，结合基因组提供的序列上下文信息，使用miRDeep预测solexa测序得到的未知序列中可能存在的novel microRNA。

4．进化分析
跨物种比较microRNA 序列的保守性及种子序列的保守性。对于一个物种预测出来的新的microRNA,结果示例(对号表示序列完全一致，灰度升高表示保守性依次降低)。

5． microRNA 基因簇分析
将新预测的microRNA 在基因组上定位，并寻找可能同时转录的microRNA。


＊探索性分析

microRNA 可能发生部分位置碱基的编辑，导致种子序列改变，从而导致靶基因发生改变。如：5th T->G。位于seed序列的中间，将直接导致靶基因发生变化。

1．microRNA 编辑


2．Viral microRNAs

solexa 结果由于测出的序列较多，带有病毒来源的microRNA，可能与病毒感染或共生有关。

3．natural antisense miRNAs

microRNA 是stem-loop 结构。其反义链也是stem-loop 结构。同样也能形成microRNA，这是一类新的microRNA。其反义链也是发卡结构。
而在solexa测序结果中也能测到anti-sense的序列。因此生物体能存在自然反义microRNA,这是一种全新的microRNA种类。

4．Endogenous siRNA

由假基因或基因组重复序列生成。

5．Si-tRNA等

其他种类small-RNA 也正在慢慢的出现。我们也有一些新的证据表明还存在一些其他的small RNA。因此欢迎一起合作和开发。如：tRNA由三叶草型二级结构变为发卡环结构，结果也可以生成microRNA。

6．SNP 分析

包括前体及成熟体中SNP 的寻找，对靶基因影响等。限于人、小鼠等有SNP 数据的生物。
该SNP位于seed区，因此直接影响靶基因。

7．另外

由于单独的microRNA solexa数据略显单薄，我们同时也提供microRNA solexa与表达谱solexa结合分析、microRNA solexa与蛋白质谱结合分析、microRNA solexa与专业文本挖掘的结合分析、microRNA solexa与microRNA靶基因和转录因子三组分网络的构建与分析等服务。

所有解释权归上海敏芯信息科技有限公司所有；根据客户的要求可以继续进行其他的深入分析。

具体业务包括：

-基因芯片：表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等实验及数据分析

- 高通量测序：miRNA测序、mRNA测序、基因组重测序、甲基化测序、ChIP-Seq等实验及数据分析

-蛋白质组学：蛋白质芯片（SELDI）、细胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代谢组学：液质联用（LC-MS）、气质联用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的实验及数据分析

- 文献挖掘：提供基于pubmed数据库的关键词搜索服务

- 生物信息培训：定期举办综合性生物信息培训班，并提供上门培训服务及随到随学班

u 专利代理：提供生命科学领域的专利写作、专利润色及专利申请服务

- 实验服务：引物设计、RT-PCR、3730测序、Western Blot、2D-MS等

    目前，公司国内外客户已超过500家，合作发表了50多篇高影响因子的SCI(影响因子累计超过100分)，并参与多项国家科研项目的申请与实施。