SNP芯片数据分析服务
基本信息
服务名称：
SNP芯片数据分析服务
英文名称：
SNP chip
参考报价：
021-31523052
服务商：
总点击数：
4017
更新日期：
2014-04-01
服务类别：
服务详情
SNP 芯片数据分析数据分析方案
一、基本分析
1、 芯片原始数据的处理和基因分型，我们给出有统计意义的SNP列表。
2、 描述性统计，如minor allele frequency，Hardy-Weinberg equilibrium等。
3、 显著性检验，实验组与对照组的差异，假阳性率（FDR）的计算等。
4、 SNP的关联分析，建立线性模型或logistic回归模型等 (所有的统计可以选择由SAS，SPSS，或S-Plus/R给出)。
二、genotyping分析
利用Genotyping Console 3.0.1软件进行genotyping分析，统计出既有差异的SNP（p<0.01）。
我们利用CNAG Version 3.3.0.0 beta 软件进行CN与LOH分析。统计方法利用Cochran-Armitage trend test统计CN在组份中gain/loss分布的差异。对于LOH，我们利用chi-test统计其在组份中LOH值的差异。
四、连锁不平衡图谱分析（LD-map）
分别构建病例组和对照组的连锁不平衡（linkage disequilibrium）图谱，能判断出两组之间LD存在差异的染色体区域，并且该区域SNP等位基因频率和单倍型频率在两组间分布存在统计学差异或差异趋势。
五、SNP生物学意义发掘
通过SNP在染色体上的位置，利用寻找SNP可能影响的基因( or EST)。我们也可以对相应基因进行功能的注释（gene ontology ， pathway和转录因子分析等），进而解释SNP可能的作用机理。该部分可以参考常规表达谱芯片的分析。
六、基于模式识别的SNP挖掘
传统的SNP挖掘使用统计学的方法来进行，往往在敏感性与特异性上有一定的限制。利用一些模式识别/机器学习的方法可以更好解决SNP筛选问题。我们提供基于决策树等SNP挖掘算法。
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公司简介
上海敏芯信息科技有限公司
上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是国内知名的生物信息学服务提供商。随着业务扩展，公司已经发展成为国内第一家专业提供系统生物学服务的高科技企业，提供包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学相关的实验设计、实验检测、数据分析、结果验证及论文修改的全面解决方案。公司已获得国家及上海市中小企业创新基金、上海市科技创新行动计划、上海市大学生创业基金、上海市专利试点企业、上海市技术成果转化认证、上海市杨浦区人才资助资金等多项国家及省部级奖励。
具体业务包括：
-基因芯片：表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等实验及数据分析
- 高通量测序：miRNA测序、mRNA测序、基因组重测序、甲基化测序、ChIP-Seq等实验及数据分析
-蛋白质组学：蛋白质芯片（SELDI）、细胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等
- 代谢组学：液质联用（LC-MS）、气质联用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的实验及数据分析
- 文献挖掘：提供基于pubmed数据库的关键词搜索服务
- 生物信息培训：定期举办综合性生物信息培训班，并提供上门培训服务及随到随学班
u 专利代理：提供生命科学领域的专利写作、专利润色及专利申请服务
- 实验服务：引物设计、RT-PCR、3730测序、Western Blot、2D-MS等
目前，公司国内外客户已超过500家，合作发表了50多篇高影响因子的SCI(影响因子累计超过100分)，并参与多项国家科研项目的申请与实施。
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