转录组测序分析服务
基本信息
服务名称：
转录组测序分析服务
英文名称：
RNA-Seq
参考报价：
021-31523052
服务商：
总点击数：
4188
更新日期：
2014-04-01
服务类别：
服务详情
转录组测序数据分析方案
一、基因组定位（推荐）
数据处理由原始fastq文件开始。数据首先将含有Q<20的碱基替换为N。然后使用MAQ（http://maq.sourceforge.net/）软件将fastq转换为Fasta。然后去掉3’-adaptor。然后序列数据通过MAQ软件将序列向基因组比对。生成覆盖度数据。
二、转录本定量（推荐）
MAQ比对的结果用于基因定量，对于每个基因进行基因定量，定量方法采用 reads per kilobase of exon per million mapped sequence reads (RPKM)反映表达量。
三、可变剪切预测（推荐）
我们使用TopHat（Cole Trapnell et al. 2009）软件进行进行可变剪切的分析。
我们利用同源预测或者从头预测程序进行基因预测。一般来讲，同源预测的可靠性较高。而从头预测算法假阳性较高。
对于每一种表达趋势的基因，选择性的进gene ontology功能分析。 将差异表达的所有基因向gene ontology数据库的各节点映射。计算每个节点的基因数目，并结合整个数据库的基因作为背景分部，对于每个节点，得到一个2x2的表格，使用超几何分布检验基因在每个GO节点的富集或贫乏程度。
与GO分析类似，我们同样将差异基因使用GenMAPP v2.1向KEGG pathway和BioCarta数据库映射。通过统计方案，找到统计上最有意义的pathway
公司简介
上海敏芯信息科技有限公司
上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是国内知名的生物信息学服务提供商。随着业务扩展，公司已经发展成为国内第一家专业提供系统生物学服务的高科技企业，提供包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学相关的实验设计、实验检测、数据分析、结果验证及论文修改的全面解决方案。公司已获得国家及上海市中小企业创新基金、上海市科技创新行动计划、上海市大学生创业基金、上海市专利试点企业、上海市技术成果转化认证、上海市杨浦区人才资助资金等多项国家及省部级奖励。
具体业务包括：
-基因芯片：表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等实验及数据分析
- 高通量测序：miRNA测序、mRNA测序、基因组重测序、甲基化测序、ChIP-Seq等实验及数据分析
-蛋白质组学：蛋白质芯片（SELDI）、细胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等
- 代谢组学：液质联用（LC-MS）、气质联用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的实验及数据分析
- 文献挖掘：提供基于pubmed数据库的关键词搜索服务
- 生物信息培训：定期举办综合性生物信息培训班，并提供上门培训服务及随到随学班
u 专利代理：提供生命科学领域的专利写作、专利润色及专利申请服务
- 实验服务：引物设计、RT-PCR、3730测序、Western Blot、2D-MS等
目前，公司国内外客户已超过500家，合作发表了50多篇高影响因子的SCI(影响因子累计超过100分)，并参与多项国家科研项目的申请与实施。
售后服务
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