空间代谢组学-欧易生物
空间代谢组学
空间代谢组在解吸电喷雾电离质谱成像(DESI-MSI)技术上进一步升级,形成了空气动力辅助离子化解吸电喷雾电离质谱成像(AFAI-MSI)技术。利用空气流与传输管对带电液滴进行远距离传输,传输管中的带电液滴在高速气流和电压的作用下进一步脱溶剂、富集、离子化,继而提高检测灵敏度,同时扩展了待测样品的空间和操作灵活性,不仅适用于单一组织样本,也适合于大体积样品的远距离离子采集和成像分析。
图 | AFADESI-MSI空间代谢组技术原理图
技术流程
1)在电喷雾毛细管喷嘴上施加一定高电压,喷雾溶剂从雾化器的内套管中流出,由外套管中喷出的高压氮气迅速将喷雾溶剂雾化形成带电喷雾液滴;
2)喷出的高速带电液滴轰击待测样品表面,在溶剂萃取作用下样品同时被解吸与电离;
3)含有被测样品的带电液滴迅速发生去溶剂化作用,从质谱分析器的采集锥孔进入分析器并被检测;
4)样品固定在承载平台,连续或脉冲移动承载平台对样品进行二维扫描;
5)同时质谱仪记录质谱信号强度获得样品表面的分子及其含量;
6)这些信息通过质谱图像分析软件转换后,即可获得选择离子或离子群的二维空间强度分布图。
技术特点
1)高灵敏度:灵敏度可达pg级别
含量为pg级的硫苷脂类代谢物在大鼠脑的成像图
2)宽动态范围:数量级103
甘油磷脂酰胆碱在大鼠肾组织不同区域呈3个数量级梯度差异
3)高覆盖度:涵盖多种类型小分子代谢物
胆碱类、多胺类、氨基酸类、肉碱类、核苷类、核苷酸类、有机酸类、碳水化合物类、胆固醇类、胆酸类、脂质类等多种类代谢物。
4) 高特异性
高分辨分析器+强分辨力软件
实现m/z 相近代谢物的准确识别
Δm/z =0.001
大鼠肾脏中m/z相近代谢物的空间成像
5)高异质性
实现组织结构和功能
代谢物的识别与特征分布
人食管癌组织中代谢物的高异质性空间分布
我们的优势
1、项目经验
小鼠/大鼠:脑、肾、心、肝、脾、脊髓、垂体、胰腺、皮肤、整只小鼠/大鼠
肿瘤组织:食管癌、甲状腺癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、脑胶质瘤、鼻咽癌、皮肤癌、肝癌
植物组织:根、种子
2、硬件支持
自有AFAI-MSI
Thermo QE 高分辨质谱
空间分辨率(100um*100um、20um*20um)+高质量分辨率:仪器持续升级
3、发明专利
3项授权发明专利、1项软件著作权(如下)
敞开式喷雾场解吸离子化方法及离子化装置,发明专利,授权号:ZL 2007 1 0303649.0
质谱成像平台装置及其控制方法,发明专利,授权号 :ZL 2012 1 0055424.9
一种离子源温控加热装置,发明专利,授权号:ZL 2012 1 0348043.X
一种用于生物组织质谱成像的离子传输装置,实用新型专利,授权号 :ZL 201520580709.3
CISILE 2019自主创新金奖,2019 CAIA特等奖;
4、数据库支持
LM空间代谢组学自建数据库:SmetDB、SmetPB
SmetDB针对人和动物,目前含4000+物质,涵盖氨基酸、脂质、核苷酸、碳水化合物、维生素和辅助因子、激素等物质;
SmetPB目前针对植物,含有6000+物质,涵盖生物碱类、酚酸类、黄酮类、香豆素类、苯丙素类、木脂素、萜类等10大类代谢物;
5、软件支持
基于大数据与人工智能的MassImager质谱成像处理软件
6、服务支持
学术支持:贺玖明教授,国内早期开发空间代谢组学方法的科学家之一
PNAS、Theranostics、Advanced Science、AC等杂志发表文章10余篇(见参考文献)
技术流程
应用领域
医学领域:
1)疾病分子机制,如阿尔茨海默症、抑郁、脑缺血、糖尿病、心血管疾病等;
2)生殖发育学,如胚胎、器官发育过程中代谢调控和代谢表型等;
3)肿瘤代谢与肿瘤免疫,如肿瘤代谢微环境与肿瘤免疫逃逸等;
4)肿瘤分子病理诊断、分子分期/分型、生物标志物筛选等;
5)肿瘤耐药与用药研究等;
6)环境毒理学,如环境污染物的体内毒性效应和分子机制等;
7)新药药理和毒理,如药物的空间分布和体内效应和分子机制等;
农林牧渔领域:
1)发育学,如种子、胚胎、器官发育过程中的空间代谢调控等;
2)分子机制,如盐胁迫、病毒/真菌侵染、光合作用等机制研究;
3)基因调控机制,如转基因、基因沉默、基因敲除后代谢物变化的机制研究,了解基因与代谢物之间的关系等
4)植物与环境互作研究,如昆虫选择性侵害植物部位、土壤与根部互作研究等;
5)植物药用成分定位。
样本准备指南
1、样本类型
未经过福尔马林浸泡、HE染色,荧光标记等处理的新鲜组织样本。
5mm*2mm~2cm*4cm,大至整只大鼠/小鼠(15cm*10cm)。常规样本大小为1cm3左右。
2、送样准备
1)实验前准备
预冷生理盐水
50mL离心管中
封口膜或保鲜膜、锡箔纸、干冰、液氮、滤纸片、镊子、记号笔等;
2)样本处理流程
3)送样流程
干冰寄送时,将样本盒埋没于干冰中,保证其上下都有干冰覆盖;
干冰的量根据每天4公斤来计算,使用厚实(2cm以上厚度)的泡沫箱寄送。
4)送样注意事项
在允许的条件下,建议多准备一份样品作为备用;
样本质量是影响实验结果的最关键因素,因此在采集、制备、贮存、运输过程中应尽可能地做到迅速,大幅缩短样本从采集到实验的时间。
仪器设备
上海欧易生物医学科技有限公司(简称:“欧易生物”),成立于2009年,经过十多年稳健发展,已经成长为拥有“晶准生物”“鹿明生物”“青岛欧易”三家全资子公司,600名以上员工的生物科技领域集团型企业。
公司为大生命科学、大健康相关研究领域,以及医药、食品及日化企业的客户,提供从基础研究到药物靶点发现、药理药效及安全性评价、疾病分子标志物筛选、致病菌及耐药菌溯源等相关技术服务,全力加速客户研究、开发进程,大大提升客户研究、开发价值。
公司现已建成完整齐备的多组学检测服务平台和多组学联合大数据分析平台,提供基因组、转录组、表观组、微生物组、蛋白组、代谢组等全组学检测服务;并不断跟踪组学技术进展,近几年在单细胞测序技术、空间多组学技术(空间代谢组、空间转录组)、单细胞蛋白组技术、多组学联合分析等方面逐渐取得综合优势。
2017年,基于多组学领域多年的技术积累与沉淀,进入分子诊断领域,聚焦生殖遗传,主攻染色体遗传病、单基因遗传病以及不孕不育相关遗传病,搭建闭环式的出生缺陷防控分子诊断技术体系与产品体系,致力于优生优育,幸福中国家庭。欧易生物先后与中国海洋大学、中国科学院遗传与发育生物学研究所等机构建立了紧密的产学研合作,与日立诊断产品有限公司共建联合研发实验室,与华东师范大学合作建立院士专家工作站,并陆续获得闵行区研发机构、闵行区科技小巨人企业、上海市科技小巨人企业等资质。还获得知识产权管理体系认证企业资质,总授权发明专利27项、在审发明专利36项、授权软件著作权143项。
“欧易生物”始终坚守“硬数据,好服务”的价值理念,高度重视数据质量及客户服务体验,不断打造自身的“服务力”,倾听客户心声,珍视客户委托,始终将客户满意作为工作质量评价的首要标准,全力打造“创新多组学”优势品牌。
秉承“正直、开放、务实、奋进”价值观的欧易人,正努力践行“以生物科技,成就他人,造福大众”的企业使命,在生命科学及大健康领域奋发有为,以先进的组学技术服务助力基础研究,推动科技创新;以优秀的精准产品造福大众健康,幸福千万家庭。并为将“欧易生物”打造成“受人尊敬的生物科技公司”而奋斗不息!
产品架构
单细胞测序
单细胞转录组测序
空间转录组测序
Xenium 组织空间原位分析技术
FLEX单细胞转录组测序
单细胞免疫组库(VDJ)
单细胞多模态(ATAC+转录组)
单细胞样本制备试剂盒
酵母文库
泛素E3文库筛选
膜体系文库构建
核体系文库构建
转录因子文库筛选
酵母文库筛选
筛库配套试剂
转录组学
Small RNA测序
真核生物转录组测序
全转录组测序
基因组学
低深度重测序(LcWGS)
简化基因组测序(2b-RAD/Super-GBS)
基因组重测序
外显子测序
微生物组学
单细胞微生物基因组测序
微生物多样性测序
宏基因组测序
疑难样本微生物多样性测序(2bRAD-M)
细菌基因组 de novo 测序
表观组学
RNA甲基化测序(m6A)
935k甲基化芯片
全基因组甲基化测序(WGBS)
简化基因组甲基化测序(MethylRAD)
CUT&Tag测序
蛋白质组学
靶向蛋白质组学(PRM)
修饰蛋白质组学
标记定量蛋白质组学(iTRAQ/TMT)
代谢组学
空间代谢组学
非靶向代谢组学
靶向代谢组
拟靶向代谢组(脂质代谢组学)
多组学服务
多组学联合分析
合作服务平台
RACS-Seq 单细胞拉曼分选-测序耦合系统
细胞服务平台
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详细地址:
上海市闵行区联航路
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