降解组测序--性能参数，报价/价格，图片

基本信息

服务名称：

降解组测序

英文名称：

Degradome Sequencing

参考报价：

服务商：

杭州联川生物信息有限公司

总点击数：

1061

更新日期：

2014-01-06

服务类别：

测序/合成

服务详情

鉴定microRNA（miRNA）调控的靶基因是阐释miRNA复杂调控机制的关键。在生物体内，miRNA可通过抑制mRNA翻译或是诱导mRNA剪切降解，从而调控基因表达，发挥生物学功能。相比于动物，在植物中miRNA诱导基因剪切降解的方式会更为普遍。降解组测序（Degradome Sequencing）正是利用高通量测序技术结合生物信息学手段对这些mRNA降解片段进行大规模鉴定，进而鉴定miRNA调控靶基因的技术。降解组测序技术既摆脱了仅利用生物信息学预测靶基因带来的高假阳性，又避免了常规靶基因鉴定手段（如5’ RACE）低通量耗时耗力的不足，显著促进了miRNA的功能研究。

降解组测序的原理是，miRNA剪切靶基因产生二个片段，5' 剪切片段和3' 剪切片段。其中3' 剪切片段，包含有自由的5' 单磷酸和3' polyA尾巴，可被RNA连接酶，连接产物可用于下游高通量测序；而含有5' 帽子结构的完整基因，含有帽子结构的5' 剪切片段或是其他缺少5' 单磷酸基团的RNA是无法被RNA酶连接，因而无法进入下游的测序实验；对测序数据进行深入地比对分析，可以直观地发现在mRNA序列的某个位点会出现一个波峰，而该处正是候选的miRNA剪切位点（实验流程请参见下图）。

联川生物现推出的特色降解组测序服务，助您快速大规模地筛选出动植物miRNA调控的靶基因，进而加速解析miRNA的生物学功能。

	一次降解组测序即可鉴定出成百上千条miRNA作用的靶基因，远胜于传统的5’RACE方案。
	提供Q30（PhredScore）以上数据，确保数据分析的准确性。
	拥有自主开发的数据分析软件ACGT301-DEG101，并结合CleaveLand，可靠性已经过大量实验项目检验。
	使用全新优化的文库构建方案使得样本起始量更少、建库步骤更简单、测序读长更长，同时PCR扩增次数和割胶纯化次数更少，因而能够更真实地反映样本降解组的丰度，进一步提高实验数据的准确性。

	Nucleic Acids Res：使用降解组测序鉴定小鼠miRNA以剪切方式调控的靶基因本研究中，作者使用降解组测序技术鉴定出成年小鼠组织中16个可能的miRNA剪切靶基因，其中miR-151-5p介导剪切N4BP1和let-7b介导剪切2410001C21Rik是最为显著的。 Bracken,C.P., Szubert,J.M., Mercer,T.R., Dinger,M.E., Thomson,D.W., Mattick,J.S., Michael,M.Z. and Goodall,G.J. (2011) Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent en-donucleolytic cleavage. Nucleic Acids Res., doi:10.1093/nar/gkr110.
	Plant Mol Biol：胡杨microRNA和靶基因研究胡杨，是一种典型的湿盐生植物，能忍受荒漠中干旱的环境，对盐碱有极强的忍耐力，是木本植物中研究盐胁迫应答的理想模型。北京林业大学林业育种国家工程实验室的尹伟伦教授和夏新莉教授共同领衔其团队，使用深度测序对盐胁迫处理的胡杨中小RNAome，降解组和转录组进行研究。研究表明，胡杨在盐胁迫下，可以发现一大批新的miRNAs，已知和新的miRNA都能功能性的剪切它们的靶mRNA。详细内容>> Li B, Duan H, Li J, Deng XW, Yin W, Xia X.（2013）Global identification of miRNAs and targets in Populus euphratica under salt stress. Plant Mol Biol 81(6):525-39
	BMC Plant Biology: 二代测序鉴定铝胁迫下野生大豆miRNA及其靶基因野生大豆（Glycine soja）是世界上种植面积最广的作物之一。相比于栽培大豆，野生大豆能够更好地适应自然环境的胁迫如干旱、碱、盐胁迫。华南农业大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室年海教授领衔的课题组联合使用miRNA测序和降解组测序技术大规模系统地测定了铝胁迫下野生大豆的miRNA表达谱和靶基因及其功能, 为深入理解铝胁迫下miRNA发挥的调控作用提供了重要信息。详细内容>> Zeng QY, Yang CY, Ma QB, Li XP, Dong WW, Nian H. (2012) Identification of wild soybean miRNAs and their target genes responsive to aluminum stress. BMC Plant Biol 12(1), 182.

Yang J, Liu X, Xu B, Zhao N, Yang X, Zhang M. (2013) Identification of miRNAs and their targets using high-throughput sequencing and degradome analysis in cytoplasmic male-sterile and its maintainer fertile lines of Brassica juncea. BMC Genomics [Epub ahead of print].
Zhai L, Liu Z, Zou X, Jiang Y, Qiu F, Zhengand Y, Zhang Z. (2012) Genome-wide identification and analysis of microRNA responding to long-term waterlogging in crown roots of maize seedlings. Physiologia Plantarum [Epub ahead of print].
Xu MY, Dong Y, Zhang QX, Zhang L, Luo YZ, Sun J, Fan YL, Wang L. (2012) Identification of miRNAs and their targets from Brassica napus by high-throughput sequencing and degradome analysis. BMC Genomics 13:421.
Mao W, Li Z, Xia X, Li Y, Yu J. (2012) A Combined Approach of High-Throughput Sequencing and Degradome Analysis Reveals Tissue Specific Expression of MicroRNAs and Their Targets in Cucumber. PLoS One 7(3), e33040
Zhao M, Tai H, Sun S, Zhang F, Xu Y, et al. (2012) Cloning and Characterization of Maize miRNAs Involved in Responses to Nitrogen Deficiency. PLoS ONE 7(1), e29669.
Zhang J, Zhang S, Han S, Wu T, Li X, Li W, Qi L. (2012) Genome-wide identification of microRNAs in larch and stage-specific modulation of 11 conserved microRNAs and their targets during somatic embryogenesis. Planta. [Epub ahead of print]
Li B, Qin Y, Duan H, Yin W, Xia X. (2011) Genome-wide characterization of new and drought stress responsive microRNAs in Populus euphratica. J Exp Bot 62(11), 3765-79.

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联川生物，总部位于美国休斯敦（LC Sciences, LLC），经过多年的快速发展，已成为业界领先的全组学技术服务商。公司拥有具有自主知识产权的µParaflo®微流体定制化芯片平台，可以为科研用户提供从基因组，转录组，到蛋白组的高通量定制化表达谱芯片解决方案。我们是全球首家提供microRNA表达谱芯片分析的服务商。作为国内最早提供高通量测序技术服务的公司之一，联川生物拥有经验丰富的技术团队和一流的生物信息学专家组，可以为研究人员提供多组学测序服务和深度个性化数据解决方案。全球科研用户使用联川生物产出的高质量组学实验数据已发表了数量庞大的论文，其中在Cell，Nature，Science及其子刊上已累计发表论文十七篇。