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公司搭建了双向电泳系统和质谱系统为基础的，配以样品制备，质谱前处理等设备及蛋白质数据分析为辅的蛋白质技术平台，提供蛋白定量、SDS-PAGE、蛋白分子量测定，双向电泳的蛋白组信息呈现，蛋白质的质谱鉴定，蛋白质生物信息处理等多种技术服务。

公司拥有样品前处理实验室及二维电泳实验室,质谱实验室等,工作由具有蛋白组技术经验的技术人员完成，主要员工均具有硕士及硕士以上学历，多年从事蛋白技术实践经验.公司已国内多家医院，大学及科研院所开展蛋白质组课题的合作．

客户名单如下：
医院：北医三院，解放军309医院，北京朝阳医院，四川大学华西医院，昆明延安医院等。
高校：中国农业大学，北京农学院，北京林业大学，河南农业大学，内蒙古农业大学，青海大学，重庆医科大学，新疆医科大学等。
科研院所：中科院遗传与发育所，中科院海洋所，中科院农业资源中心，中国林业科学研究院，医科院药植所，医科院病原所，中国CDC营养所，山东省农科院等。


                         
 lable-free路线

声明：案例为本公司实际操作案例。为保护客户的权益与保密协议，在保证实验结果真实有效的前提下，我们对实验的数据进行了适当的变动处理，欢迎用户来我公司参观及考证结果真实性。请勿转载！责任自负！

一、样品处理
1、8个样品冻干，加入TFA水溶液从溶。
2、取8个C18脱盐柱分别加入100%乙jing离心。再加入TFA 离心。
3、8个C18脱盐柱分别加入从溶的样品，离心1min反复上样3次。
4、分别加入洗脱液离心1min，并收集离心后的洗脱液冻干。
5、将冻干后样品加入A液从溶后离心2min，取上清定量。
6、分别取相同的量进行质谱检测

二、肽图质谱检测
检测条件
液相：EASY-nLC1200
色谱条件：色谱柱：Dionex C18 PePMap300, 1.9um, 120Å; ID 150um, length 12cm。
流速：略
洗脱条件:

质谱仪：QE
质谱条件：数据采集时间：78min, 喷雾电压 (spray voltage)：2.0KV; 毛细管温度（caplillary temperature）：320℃; 碰撞能量（normalized collision energy）：27%, 采集质量范围：300-1400 Da。


CK_TIC



CK__BPC


单个样品重复3次

比较组间有统计意义的差异蛋白。


iTraq路线

使用仪器

Thermo Q Exactive

 简介
 
同位素标记相对和绝对定量iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技术可以在一次实验中对2-8个样品中的蛋白质进行标记和同步分析比较，已经成为高通量比较蛋白质组研究的主要手段之一。
 
 应用
Ø 可对血浆、体液、动物组织、植物组织、细胞培养液、细菌及真菌等进行体外标记。
Ø 标记过程中能保留常见的翻译后修饰位点。
Ø 可检测胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白，以及低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。
Ø 可进行多个时间点、细胞周期、细胞信号传导整个过程蛋白质组动态变化的监测。
Ø 可分析详细分期型的临床疾病样本，并可设计样本重复，甚至可以进行个体样本的研究。
 
 优点
 
Ø 通量高，结果直观，系统误差最小。
Ø 节省样品的用量和检测的时间。可同时对2-8个样品进行蛋白差异分析。标记完全，标记效率高达97%以上。
Ø 分离能力强、分析范围广。质谱具备高灵敏度、检测限低。二级碎片离子信号增强，产生质量更高的二级质谱，确保鉴定结果高的可信度。
Ø 定性分析结果可靠，可以同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息。
Ø 自动化程度高。分析时间快，分离效果好。


iTRAQ的8种同位素标记试剂由8种相对分子质量分别为113Da、114Da、115 Da、116 Da、117 Da、118Da、119Da和121Da的报告基团(Reporter group)，相对分子质量分别为192Da、191 Da、190 Da、189 Da、188 Da、187Da、186Da和184Da的平衡基团(Balance group)以及相同的与肽段反应的基团(Peptide reactive group)组成。其中每一种报告基团及与其相应的平衡基团的总分子质量均为305Da。操作时首先对不同蛋白质样品分别进行酶解，对酶解肽段进行不同标记后混合，结合多为色谱分离和串联质谱鉴定，从而实现对不同来源样品蛋白质进行分离、鉴定和定量的目的。
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Ø 节省样品的用量和检测的时间。可同时对2-8个样品进行蛋白差异分析。标记完全，标记效率高达97%以上。
Ø 分离能力强、分析范围广。质谱具备高灵敏度、检测限低。二级碎片离子信号增强，产生质量更高的二级质谱，确保鉴定结果高的可信度。
Ø 定性分析结果可靠，可以同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息。
Ø 自动化程度高。分析时间快，分离效果好。



8个来源不同的相同蛋白样品在一级质谱上表现相同。平衡基团在二级质谱发生中性丢失导致报告基团在二级质谱产生8个报告离子，分别是113Da、114Da、115 Da、116 Da、117 Da、118Da、119Da和121Da。通过分析报告离子的峰强度比值就可以分析同一个蛋白在不同样品间的表达量比值。

实验案例
为了开发新的临床免疫组化生物标记来区分肝细胞癌（sHCC）和发育异常的结节（DN），采用iTRAQ技术来筛选区分癌前病变和肝细胞癌的免疫组化生物标记。
Ø 已发表文献（IF5.12）
iTRAQ-2DLC-ESI-MS/MSBased Identification of a New Set of Immunohistochemical Biomarkers for Classification of Dysplastic Nodules and Small Hepatocellular Carcinoma. J. Proteome Res. 2011, 10, 3418–3428
 
Ø 实验设计
样品取自LC，DN和sHCC三个不同的组织来源。提取蛋白后，分别用115，116，117来标记，混合蛋白并经过SCX柱液相分离后，最后进入液质系统进行蛋白质谱鉴定。
Ø 结果
共有1951个蛋白被定量，在1.25倍p<0.05的显著差异下得到52个上调蛋白和95个下调蛋白。
挑选出来的候选生物标记进一步通过Western和免疫组化进行验证。进而用ROC曲线和逻辑回归模型来评估生物标记的诊断效果。


最后ACY1和SQSTM1被选为新的生物标记，而所建立的逻辑回归模型包含ACY1，SQSTM1和CD34。这个模型的敏感性和特异性分别是96.1%和96.7%。
部分iTRAQ技术已发表文献
iTRAQ plus 18O: A new technique for target glycoprotein analysis ,  Talanta, Volume 91, 15 March 2012, Pages 122-127（方法学）
Identification of transaldolaseas a novel serum biomarker for hepatocellular carcinoma metastasis using xenografted mouse modeland clinic samples , Cancer Letters 313 (2011) 154–166 （IF 4.8，血清样本）
iTRAQ2DLCESIMS/MS Based Identification of a New Set ofimmunohistochemical Biomarkers forClassification of Dysplastic Nodules and SmallHepatocellular Carcinoma,J. Proteome Res. 2011, 10, 3418–3428（IF5.12，组织样本）
Analysis of Transcriptional Factors and Regulation Networks in     Patients with Acute Renal Allograft RejectionJournal of Proteome Research 2011, 10, 175–181（IF5.12，血清样本）
Changes in proteomics profile during maturation of  marrow-derived  dendritic  cells treated with oxidized  low-density lipoprotein Proteomics 2011, 11, 1893–190（IF 4.42，细胞样本）
LC-MS/MS Analysis of Ovarian Cancer Metastasis-Related Proteins Using a Nude Mouse Model: 14-3-3 Zeta as a Candidate BiomarkerJ. Proteome Res., 2010,   6180–6190（IF5.12，囊液样本）



 

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    西农生（北京）生物技术有限公司是开展蛋白质组技术专业服务的生物技术公司,搭建了以Amersham的高通量双向电泳系统和Bruker公司最先进的autoflex II TOF/TOF质谱系统为基础的，配以样品处理及蛋白质数据分析为辅的蛋白质技术平台，提供从样品处理到2D胶,直到质谱鉴定及数据分析的全流程服务。

   公司拥有样品前处理实验室及二维电泳实验室,质谱（bruker autoflex II TOF/TOF）实验室等,工作由具有蛋白组技术经验的技术人员完成，主要员工均具有硕士以上学历，多年从事蛋白技术实践经验.公司已与全国多家医院，高校及科研院所开展了及正在开展蛋白质组课题的合作。
客户名单如下：
医院：北医三院，解放军309医院，北京朝阳医院，四川大学华西医院，昆明延安医院等。
高校：中国农业大学，北京农学院，北京林业大学，河南农业大学，内蒙古农业大学，青海大学，重庆医科大学，新疆医科大学等。
科研院所：中科院遗传与发育所，中科院海洋所，中科院农业资源中心，中国林业科学研究院，医科院药植所，医科院病原所，中国CDC营养所，山东省农科院等。

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