基因/蛋白文献挖掘服务（NLP)
基本信息
服务名称：
基因/蛋白文献挖掘服务（NLP)
英文名称：
NLP
参考报价：
询021-31523052
服务商：
总点击数：
3305
更新日期：
2014-04-01
服务类别：
服务详情
基因/蛋白文本挖掘（NLP）数据分析方案
利用NLP(Natural Language Processing)方法从PubMed文献摘要数据库中分析A（某基因、蛋白、microRN或其他）调控网络，并对互作的基因进行GO、pathway分析。
用途：
构建基因-基因互作网络、基因-蛋白互作网络、基因-microRNA互作网络、蛋白-蛋白互作网络、microRNA-microRNA互作网络。
2.1. 基本流程
1） 利用关键词进行文档搜索，并将文档整理成XML格式。
2） 将摘要文本分离成单个句子。后续的分析是以句子为基本单位的。
3） 利用B软件进行人类基因的描述的定位，提取基因。
4） 基因符号以NCBI的entrez gene数据库为准。基因互作关系由B软件绘制为网络结构。
5） 建立一个基因互作的verb词典，分离句子中基因互作的verb。
6） 生成A基因同义词字典，分离句子中A基因的描述。
7） 统计分析基因名、互作verb和A基因同时出现(co-occurrence)的句子。整理列表。
8） 基因互作关系由B软件绘制为网络结构。
2.2. 分析结果
互作基因列表：
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基因名
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匹配的文章数
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与目标基因的关系
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文章摘要中出现的句子
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HNF4A
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75
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target
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HNF4A is an target gene with A gene
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APC
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56
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associate
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…….
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EGFR
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24
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associate
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……….
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Mir-122
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22
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Associate
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…………
|
|
。。。。
|
。。。。。。。
|
。。。。。。。。。
|
。。。。。。。
|
2.3. 网络构建
将文章篇数进行统计，最终发现与A互作的基因共有n个，其中与A可能形成复合体的(互作关系为associate、bind等)的基因共有m个，这些基因可能形成复合体。
2.4.1. pathway分析
将与A互作的n个基因对应到KEGGpathway数据库中，并计算每个pathway的富集p-value。挑选p-value<0.01的pathway。
2.4.2.GO分析
将与A互作的n个基因对应到GO数据库中，并计算每个GO节点的富集p-value。GO有以下三种分类：
biological process分类
cellular component分类
molecular function分类
＊ 所有解释权归上海敏芯信息科技有限公司所有；根据客户的要求可以继续进行其他的深入分析。
详询021-31523052
公司简介
上海敏芯信息科技有限公司
上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是国内知名的生物信息学服务提供商。随着业务扩展，公司已经发展成为国内第一家专业提供系统生物学服务的高科技企业，提供包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学相关的实验设计、实验检测、数据分析、结果验证及论文修改的全面解决方案。公司已获得国家及上海市中小企业创新基金、上海市科技创新行动计划、上海市大学生创业基金、上海市专利试点企业、上海市技术成果转化认证、上海市杨浦区人才资助资金等多项国家及省部级奖励。
具体业务包括：
-基因芯片：表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等实验及数据分析
- 高通量测序：miRNA测序、mRNA测序、基因组重测序、甲基化测序、ChIP-Seq等实验及数据分析
-蛋白质组学：蛋白质芯片（SELDI）、细胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等
- 代谢组学：液质联用（LC-MS）、气质联用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的实验及数据分析
- 文献挖掘：提供基于pubmed数据库的关键词搜索服务
- 生物信息培训：定期举办综合性生物信息培训班，并提供上门培训服务及随到随学班
u 专利代理：提供生命科学领域的专利写作、专利润色及专利申请服务
- 实验服务：引物设计、RT-PCR、3730测序、Western Blot、2D-MS等
目前，公司国内外客户已超过500家，合作发表了50多篇高影响因子的SCI(影响因子累计超过100分)，并参与多项国家科研项目的申请与实施。
售后服务
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