芯片与生物信息学

文献挖掘服务

基本信息
服务名称：
文献挖掘服务
英文名称：
NLP
参考报价：
021-31523052
服务商：
上海敏芯信息科技有限公司
总点击数：
3474
更新日期：
2014-04-01
服务类别：
芯片与生物信息学
服务详情

 

文献挖掘服务（NLP）

 
       
 
 
 
该平台用途相当广泛，例如：
1、可以对研究的相关领域有一个宏观了解，是一个一劳永逸的工作。
2、运用于基金申请的项目立项、研究背景，举例说明等方面。有助于提高各类科学基金申请的成功率。
3、分析的基因一般都是专业的明星分子，可以为深入研究提供信息；
4、构建一个宏观的分子线路图，适用于信号通路分析；
5、分析了低通量筛选出来的基因，可以用于和芯片、solexa等数据分析的比较；
6、通过构建基因调控网络，可以揭示目标基因之间的相互作用关系；
 
 
 
1、对于基因和关键词的关系，是由计算机的相关算法自动处理的结果，我们还提供文章摘要中的关键句子作为佐证。
2、所有涉及的文章的Pubmed ID号、基因别名等信息均存在放附表中，以供客户查阅及验证。
3、基因互作数据取自专业数据库,数据准确可靠。
4、所有的信息都要经过人工的检查，保证数据准确可靠，并具有代表性和完整性（需要公司及客户对结果进行人工增删）。
 
 
 
从PubMed中查找到与A相关的文献一共有n篇，n需达到可以构建基因/蛋白网络图标准。
 
2.1. 基本流程
 
1） 文档搜索及格式化，利用关键词进行文档搜索，并将文档整理成XML格式。
2） 利用软件进行基因的描述的定位。
3） 基因符号以NCBI的entrez gene数据库为准。
4） 利用关键词搜索，获得相关文献的摘要。
5） 对于每个基因，统计该基因出现的频率。
6） 提取出相关基因及摘要中提及的语句。
7） 人工核对查证纠错（敏芯公司负责进行初筛，客户进行细筛）。
8） 对筛选的基因进行功能及网络分析
 
 
2.2. 分析结果
 
2.2.1. 找到相关的生物信息
 
2.2.2. 构建基因/蛋白网络
 
      通过整合PubMed text mining，同源预测，基因neighbor，蛋白-蛋白相互作用，基因融合等数据，建立一个all differentially expressed genes in a single plot的调控网络。这是一种已有知识驱动的网络构建。 其中连接边pink=experiments，blue=database，yellow=text mining。其中Experiments(pink)和database(blue)的证据较为可靠。连接度p<0.01的基因在网络图中使用红色方块标记。
 
2.2.43 基因/蛋白功能性分析
 
    对获得的基因/蛋白进行KO、GO等功能性分析。
 
 
     Gene Ontology（简称GO）是基因功能国际标准分类体系。研究基因/蛋白在Gene Ontology中的分布状况将阐明与A(关键词)相关的基因/蛋白在功能上的体现。
利用matlab软件，将与A相关的基因对应到GO数据库中，并计算每个GO节点的富集p-value。
 
 
      我们利用matlab软件，将与A(关键词)相关的基因对应到KEGG pathway数据库中，并计算每个pathway的富集p-value。挑选p-value<0.01的pathway。
 
 
 
 

与客户发表的相关SCI论文：

南京医科大学
 Wen Gao,  Jing Xu, Lingxiang Liu, et al., A Systematic-analysis of Predicted MiR-21 Targets Identifies a Signature For Lung Cancer,Biomedicine & Pharmacotherapy, IF=2.20
天津医科大学总医院
 Kai Huang, Jun-Xia Zhang, Lei Han, Yong-Ping You, Tao Jiang, Pei-Yu Pu, Chun-Sheng Kang, MicroRNA roles in beta-catenin pathway, Molecular Cancer. 2010 9 21;9:252.IF=4.16
天津医科大学总医院
 Xiao Yue, FengMing Lan, Weidong Yang, Yang Yang,Lei Han ,Anling Zhang, Jilong Liu, Huazong Zeng, Tao  Jiang, Peiyu Pu, Chunsheng Kang, Interruption of β-catenin supresses the EGFR pathway by blocking multiple oncogenic targets in human glioma cells, Brain research.2010,10,032.IF=2.463

 

 

 

公司简介
上海敏芯信息科技有限公司
 
    上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月，是国内知名的生物信息学服务提供商。随着业务扩展，公司已经发展成为国内第一家专业提供系统生物学服务的高科技企业，提供包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学相关的实验设计、实验检测、数据分析、结果验证及论文修改的全面解决方案。公司已获得国家及上海市中小企业创新基金、上海市科技创新行动计划、上海市大学生创业基金、上海市专利试点企业、上海市技术成果转化认证、上海市杨浦区人才资助资金等多项国家及省部级奖励。

具体业务包括：

-基因芯片：表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等实验及数据分析

- 高通量测序：miRNA测序、mRNA测序、基因组重测序、甲基化测序、ChIP-Seq等实验及数据分析

-蛋白质组学：蛋白质芯片（SELDI）、细胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代谢组学：液质联用（LC-MS）、气质联用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的实验及数据分析

- 文献挖掘：提供基于pubmed数据库的关键词搜索服务

- 生物信息培训：定期举办综合性生物信息培训班，并提供上门培训服务及随到随学班

u 专利代理：提供生命科学领域的专利写作、专利润色及专利申请服务

- 实验服务：引物设计、RT-PCR、3730测序、Western Blot、2D-MS等

    目前，公司国内外客户已超过500家，合作发表了50多篇高影响因子的SCI(影响因子累计超过100分)，并参与多项国家科研项目的申请与实施。

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