技术简介

指对环境细菌的16S rRNA和真菌的ITS基因序列进行高通量测序。细菌的16S rRNA基因和真菌的ITS基因结构既具有保守性，又具有高变性。通过测序结果与数据库比较，可以分析环境细菌/真菌的菌群结构和多样性。
    环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rRNA/ITS高变区的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性及分布特征。

技术优势
 简单易操作：环境样品（微生物群落）的最优解决方案，完全摆脱繁杂的菌株分离工作；
 准确性高：从碱基保守水平测定，真实反映物种情况；
 更为高效：与传统的研究方法相比，具有通量大、产出数据多等优点；
 灵活：提供多种可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求。

技术路线图

 
生物信息学分析

 
常规分析：
  1.测序数据质控分析及序列拼接
  2.OTU聚类及其丰度分析
  3.OTU物种注释及其丰度分析
  4.系统发育树构建
  5.Alpha多样性分析（多样性指数计算及稀释度曲线图）
  6.Beta多样性分析（距离矩阵分析、PCoA分析及样品聚类分析）

高级分析：
  7.样本间显著性差异因子分析
  8.特定物种分析
  9.基于样本物种分类及环境影响因子的多元统计分析

个性化分析：
 10.根据客户需求进行个性化定制分析


案例解析

土壤样品中细菌的组成
    采用VAMPS软件分析16S V6区的序列，展示4个不同样本的细菌组分。

 

               （Maltz, Michele A., et al., 2014）

16s rRNA稀释曲线分析

从样本中随机抽出序列数作为横坐标，OTU数量作为纵坐标，每条曲线代表一个样本。稀释性曲线趋向于X轴平行，说明该样本测序量基本充足。

                              （Lee, On On, et al., 2011）

不同样品菌群结构分析

对16S序列进行分类注释，并计算其相对丰度，累积柱状图揭示不同样品的菌群结构特征。

    

                           （Ghai, Rohit, et al., 2012）

细菌16S rRNA基因构建系统发育树

对16S V4区序列进行聚类产生OTU，利用OTU序列构建系统发育树揭示其进化关系，并展示每组OTU聚类的16S V4序列数量信息。

 

测序策略及数据量
    测序策略：PE150、PE250、PE300
    建议数据量：4万条reads 或 1M reads

北京阅微基因技术股份有限公司（证券简称：阅微基因，证券代码：873723.NQ）主要从事多基因联合检测产品的研发、生产和销售业务，并基于中等通量基因检测技术平台为下游客户提供技术服务及创新解决方案，产品及服务广泛应用于临床医学、法庭科学、工农业及其他领域。

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