技术简介

随着第二代高通量测序技术的迅猛发展，全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。第二代高通量测序技术大大降低了细菌基因组研究的成本，缩短了研究周期，为越来越多的科研人员提供了便利。微生物基因组测序根据客户需求可获得框架图、精细图和完成图。其中完成图采用第三代单分子测序（PacBio）和第二代高通量测序结果进行拼接和组装；精细图根据第二代高通量测序的结果进行拼接和组装。重测序结果可进行功能基因分析（如耐药基因分析）、进化分析、毒力分析等，为后续的功能研究提供理论基础。

技术优势
 文库构建标准化：标准化的建库流程，使文库质量更稳定；
 优化的建库流程：优化后的建库流程降低了对初始DNA样本质量要求，增加了插入片段文库的选择，使所得数据更有利于后期的数据分析；
 初始样本微量化：初始DNA量可以降低到500 pg；
 数据分析内容灵活：可以根据客户需求，调整分析内容；
  个性化的跟踪分析：根据客户需求进行数据的后期跟踪分析，专家团队的加入使数据分析方向更明确。

技术路线图
 


生物信息学分析
 

细菌基因组从头测序（de novo sequencing）

常规分析：
  1.测序数据质控分析
  2.高质量序列的拼接和组装
  3.基因预测及功能注释
  4.蛋白结构域注释
  5.各类ncRNA、CRISPR、重复序列和转座子等预测
  6.生化反应通路（PATHWAY）映射
  7.基因本体论（GO）注释

高级分析：
  8.前噬菌体分析
  9.致病性分析
 10.进化分析：包括构建系统发育树，计算进化速率
 11.共线性及共有基因分析
 12.基因家族分析

个性化分析：
 13.根据客户需求进行个性化定制分析


细菌基因组重测序

常规分析：
  1.测序数据质控分析
  2.一致性序列组装（与参考基因组序列比对分析）
  3.单核苷酸多态性位点检测
  4.基因拷贝数变化分析
  5.结构变异位点检测
  6.系统发育树构建

高级分析：
  7.进化速率分析
  8.群体进化分析

个性化分析：
  9.根据客户需求进行个性化定制分析
 

案例解析

微生物基因组测序圈图
    绿硫菌（C. tepidum）全基因组序列环形展示图标明其正负链序列的编码区域信息，揭示GC skew、基因组的平均GC含量、三核苷酸组成、tRNA基因、rRNA基因和sRNA基因种类等基本特征。 

 

系统发育分析
    利用31个广泛使用的保守蛋白编码基因构建细菌域的最大似然系统发育树，揭示GEBA基因组的分类特征及与其他物种的亲缘关系。
 

 

测序策略及数据量
    测序策略：PE100、PE150
    建议数据量：1Gb

北京阅微基因技术股份有限公司（证券简称：阅微基因，证券代码：873723.NQ）主要从事多基因联合检测产品的研发、生产和销售业务，并基于中等通量基因检测技术平台为下游客户提供技术服务及创新解决方案，产品及服务广泛应用于临床医学、法庭科学、工农业及其他领域。

阅微基因总部位于北京市海淀区中关村科技园区，在北京和苏州均设有GMP生产基地，并在全国设有多个子公司及技术服务中心，2018年阅微基因在哈萨克斯坦成立海外子公司，开始积极拓展海外业务。公司迄今已获数十项发明专利及软件著作权，多年来持续获得国家高新技术企业认证，并荣获2020年北京市专精特新“小巨人”企业称号、工业和信息化部第二批专精特新“小巨人”企业称号。

阅微基因以市场需求为导向，充分发挥在基因检测领域的技术积淀，以“中通量荧光PCR-毛细管电泳平台”为核心技术平台，形成检测设备、检测试剂及软件系统开发和服务等关键能力，致力于重大疾病谱的临床医学领域和法庭科学基因检测领域的技术进步和产品开发，逐渐成为国内基因检测领域具有设备、试剂、软件一体化优势的创新企业。