背景：真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。与传统的EMSA技术相比，染色质免疫沉淀技术（CHIP）能真实完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的最佳方法。
原理：是在活细胞状态下以甲醛固定蛋白质－DNA复合物，超声将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后加入目的蛋白抗体，通过抗体沉淀靶蛋白-DNA复合物，通过洗脱的方法得到富集的靶蛋白-DNA复合物，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测（PCR分析），从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
应用：1.组蛋白修饰研究 2.转录调控分析 3.药物开发研究 4.有丝分裂研究 5.DNA损伤与凋亡分析。
步骤：
      1）甲醛处理细胞
      2）收集细胞，超声破碎
      3）加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合
      4）加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，沉淀
      5）对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合
      6）洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物
      7）解交联，纯化富集的DNA-片断
      8）PCR或基因芯片分析。    

             
实验案例              证明C/EBP与Tmub1启动子或增强子序列的结合

实验背景：在IL－6诱导条件下,利用CHiP技术提取C/EBP－DNA复合物，以Tmub1基因的碱基序列设计引物，以提取的DNA为底物，进行扩增，从而证明C/EBP结合的DNA含有Tmub1基因，进一步确认C/EBP与Tmub1启动子或增强子序列的相互作用。
实验分组：分2个组进行实验普通PCR检测和WB检测（检测Tmub1蛋白表达水平，抗体嘉美生物实验室提供。注：嘉美生物实验室提供绝大多数常用国外原装进口抗体，为实验委托者节约大量实验经费。）
第一组：A组 
第二组：B组 
转染3天后收集细胞做CHIP-PCR以及WB检测
实验对照：设定的对照有

      1、阳性对照（系统阳性对照，Anti-RNA Polymerase II）
      2、INPUT对照（DNA片段在沉淀以前，收集下来的对照）
      3、阴性对照（非免疫IgG血清吸附，Normal Mouse IgG）
细胞转染流程:略

     EZ-ChIP™染色质免疫共沉淀实验检测流程（Upstste Catalog # 17-371)

详细实验步骤，请见下面链接：

http://www.jiamay.net/vshow_28_2031.html

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