Illumina Human SNP 分型芯片服务
Illumina全基因组分型芯片采用Infinium技术,该技术无需PCR反应,不依赖限制性内切酶,在SNP位点的选择上可以完全根据基因组情况来选择,芯片反应通过等位基因特异性延伸来完成,保证了高质量的实验数据。SNP是迄今为止分布最为广泛、存在数量最多的一种遗传多态性。SNP的研究将帮助我们寻找新的遗传病的致病基因或易感基因,认识人种、人群、个体间的遗传差异,疾病与个体差异的关系,以及个体差异对药物的耐药性存在的不同的反应能力。
芯片名称: Human omni-1 quad beadchip
芯片信息: Human omni-1 quad 芯片数据来自于人类千人基因组计划测序结果。其中包含了超过114 万个探针信息,可以在一张芯片上平行进行4 个样本的检测。该款芯片包含针对基因SNPs,标签SNPs,拷贝数变化(CNV), 及其他高价值的基因组区基因组区域域设计探针。
芯片名称:Human omniexpress-12 beadchip
芯片信息:含盖人类基因组计划HapMap三个阶段研究的数据,针对基因SNPs,标签SNPs,拷贝数变化(CNV),及其他高价值的基因组区域设计探针.共700,000多个位点,每张芯片可同时检测12个样本。在r2 > 0.8 前提下,在CEU,JPT+CHB,YRI等人种中基因组覆盖率分别为:0.91,0.91,0.68。CNV区域平均间隔4.0kb。
芯片名称:Human omni-zhonghua-8 beadchip
芯片信息:此芯片是一款专为中国人设计的全基因组SNP基因分型芯片,每张芯片做8个样品,芯片覆盖了在中国人群体中发现的常有和稀有变异,适用于全基因组关联研究(GWAS)。经优化的90万个标签SNP信息来自HapMap所有三个阶段及千人基因组计划(1kGP)。并经策略性选择,可用于在中国人种群中探索全新的疾病和性状关联。
芯片名称:Infinium Human Exome BeadChip
芯片信息:Human Exome BeadChip芯片前所未有地覆盖了推定的功能性外显子变异,这些变异精选自12,000多个个体的外显子组和全基因组序列。外显子内容包含了> 240,000个标志物,它们代表了不同群体—包括欧洲、非洲、中国和西班牙个体—以及多种常见病,如II型糖尿病、癌症、代谢及精神疾病。
芯片名称:CytoSNP-12 BeadChip
芯片信息:CytoSNP-12 BeadChip芯片,包含30万个和疾病相关的遗传标。数据来源于Hapmap I和II。
芯片名称:Omni2.5-Quad BeadChip
芯片信息:Omni2.5-Quad BeadChip芯片,包含250万个SNP探针及CNV探针。用于基因分型和全基因组CNV分析,平均间隔1.2kb,MAF>2.5%。数据来源于Hapmap I到III和1000 Genomes。
芯片名称:Omni5-Quad BeadChip
芯片信息:Omni5-Quad BeadChip芯片,包含500万个SNP探针及CNV探针。用于基因分型和全基因组CNV分析,平均间隔0.6kb,MAF>1%。数据来源于Hapmap I到III和1000 Genomes。
技术路线
生物信息学分析
样品要求
1)样品类型:细胞、新鲜组织或DNA样品。
2)样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供1μg以上的基因组DNA。
3)样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥50ng/μl。
4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。
样品要求
1)样品类型:细胞、新鲜组织或DNA样品。
2)样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供1μg以上的基因组DNA。
3)样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥50ng/μl。
4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。