BioNano单分子光学图谱
基本信息
服务名称：
BioNano单分子光学图谱
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服务商：
总点击数：
3852
更新日期：
2015-08-19
服务类别：
服务详情
NGS可以获得大量的测序数据但是由于读长较短，无法直观的看到整个基因组范围的结构变化，而且由于基因组的复杂性（重复序列和结构变异）限制了基因组的重构和对功能原件的理解。因此迫切需要针对更长片段的分析方法。BioNano公司利用其专利的芯片技术开发的Irys系统可以对长链DNA单分子成像，在更短时间提供更完整的基因组光学图谱。
Irys系统特点
1. 长链DNA分子 ---可检测长达几百kb的单链DNA分子，很好解决重复序列和可变区对研究带来的影响。
2. 高质量的数据 ---单分子DNA通过纳米通道被拉直平行排列，利用高质量图像使基因组结构展现无遗。
3. 应用灵活 ---开放性的平台适合研究人员进行多个领域的研究，尤其在de novo和染色体结构变异方面提供了全新的研究方法。
技术路线
生物信息学分析
部分结果展示
单分子长度分布统计
结构变异结果
De novo拼接统计
样品要求
1) 样品浓度：最低浓度40ng/µl～200ng/µl。
2) 样品总量：每个样品总量不少于10µg。
3) 样品溶剂：基因组完整（大于等于150kb）、无污染。
4) 样品运输：DNA低温运输（4℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封以防出现污染。
应用案例
PLOS ONE.2013;8(2):e55864. doi: 10.1371.
Rapid Genome Mapping in Nanochannel Arrays for Highly Complete and Accurate De Novo Sequence Assembly of the Complex Aegilopstauschii Genome. Hastie AR, Dong L, Smith A, Finklestein J, Lam ET, Huo N, Cao H, Kwok PY, Deal KR, Dvorak J, Luo MC, Gu Y, Xiao M.
背景：
1. 植物拥有巨大的基因组，大量的重复序列。这对于目前的测序技术依然是个严峻的挑战，利用 NGS技术依然无法产生足够大的contig来克服重复序列带来的困扰。
2. BioNano技术平台产生的荧光标记大片段DNA分子可以很好的改善这一问题。本文利用该技术可以快速将节节麦（Aegilopstauschii）的2.1M高重复区域的组装完整性由75%提升到95%。
研究方法：
1. 从27个BAC克隆分别抽取DNA混合。
2. BioNano建库测序。
3. 454建库测序。
4. 数据拼接，基因组组装优化。
5. 利用SNapshot方法进行验证。
结果分析：
1. 得到2.1M区域的完整基因组图谱，并用snapshot验证得到一致结果。
2. 将BioNano得到的基因组图谱与NGS拼接得到的contig序列比较，发现contig序列存在各种类型的错误，这些错误被证实是由于NGS数据覆盖度不够，重复序列对NGS数据拼接干扰等因素造成的。
3. 利用BioNano数据修正后得到更加可靠的拼接结果。
参考文献
[1] Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly.NatBiotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6.
[2] Das SK, Austin MD, Akana MC, Deshpande P, Cao H, Xiao M. Single molecule linear analysis of DNA in nano-channel labeled with sequence specific fluorescent probes. Nucleic Acids Res. 2010 Oct;38(18):e177. doi: 10.1093/nar/gkq673. Epub 2010 Aug 10.
公司简介
晶能生物技术（上海）有限公司（简称“晶能生物”）成立于2010年2月。自成立以来，高速发展，成为中国生物技术服务行业领先地位的公司。
晶能生物专注健康医疗产品和生命科学领域科技服务，抓住了中国健康医疗产业的巨大机遇和生命科学市场的快速成长势头，形成了以产品研发和科技服务为核心，涉足生命科学，临床疾病、人类健康等领域的产业化服务体系，在产品研发、人才建设、市场营销、销售渠道、专业服务等方面形成极具竞争优势的中国知名的高新技术企业。
晶能生物注重产品开发，成立创新健康医疗研究中心，资深的专家团队、国际先进的仪器设备，完善的管理和研发体系，让中心成为一个充满激情、力量雄厚、极具发展潜力的研发机构。
晶能生物通过ISO9001:2008质量体系认证, 并率先成为illumine CsPro和BioNano官方认证服务商。主要技术平台有BioNano单分子光学图谱平台、Illumina-Hiseq3000高通量测序平台、Illumina-Hiseq2500高通量测序平台、Illumina-Hiseq1500高通量测序平台、Illumina-Miseq高通量测序平台，Illumina-iScan基因芯片平台、Illumina-ECO Real Time PCR平台、Sequenome-质谱分析平台、曙光高性能服务器平台以及各种配套设备，完成项目达到近2000个，完成专利达到近10项，合作客户发表文章影响因子超过400。晶能生物已取得国内二代测序，基因芯片等市场的竞争优势，成为这个行业的领先者。
晶能生物奉行客户第一、共享快乐、共同成长、持续发展的原则，始终怀着感恩的心态，努力做一个让社会、客户、员工和股东满意的企业，并成为提供健康医疗产品和科技服务的领导性公司。
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