ChIP-seq-生物信息学服务
基本信息
服务名称：
ChIP-seq-生物信息学服务
英文名称：
ChIP-seq
参考报价：
请咨询：021-60901208
服务商：
总点击数：
3077
更新日期：
2015-08-19
服务类别：
服务详情
简介：染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq的原理: 首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。基于此，我们推出ChIP-Seq的完整解决方案，协助您一起探索生物奥秘。
技术路线
生物信息学分析
样品要求
1）DNA纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间;
2）DNA总量：每个样品总量不少于15ng；
3）DNA的保存溶剂：H2O 或TE (pH 8.0)中；
4）样品运输：冰袋运输，且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
5）建议在条件允许情况下，提供可供两次样品制备的量，以确保实验质量及延续性。
应用案例
Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.
http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867413003929
http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867413003929
背景：
1. 控制大多数哺乳动物发育的转录因子可以控制细胞类型特异性模式的基因表达，通过高通量测序技术，在哺乳动物中鉴定出400,000至1.4 million个增强子，如：有特定的组蛋白修饰的增强子。
2. 建立和维持胚胎干细胞（ESCs）动态的基因表达依赖于少数几个主要转录因子，包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等，与中间物复合体一起可以结合增强子，易于捕获RNA聚合酶II来作用靶基因的启动子区域。关于降低中间物水平可以模拟影响ESCs的Oct4水平的机制目前还不清楚。利用CHIP-seq技术,发现超级增强子具有影响大多数哺乳动物细胞类型中有识别作用基因表达的功能。
研究方法：
1. 小鼠基因组DNA提取。
2. 极小量的Oct4 启动子扩增，荧光素酶表达构建。
3. 利用illumina平台，进行ChIP-Seq测序。
4. 数据分析。
结果分析：
1. 发现ESCs大量基因组结构域被主要的转录因子和中间物占据。如下图：展示了8794个ESC增强子集合中，H3K27ac，H3K4me1，DNaseI hypersensitivity，OSN正常的ChIP-seq密度和信号分布图。
2. 超级增强子通常与主要细胞识别基因有关。图中显示出转录因子ESCs的OSN; pro-B cells 的PU.1; 肌小管的MyoD; T-bet in Th（T helper）细胞; 巨噬细胞的C/EB Pa 分别在Esrrb, Inpp5d, Myod1, Tcf7, and Thbs-1的位置关系，以及统计3种细胞类型（ES,Pro-B (murine progenitor B)的典型增强子相关基因与超级增强子相关基因的韦恩图。
参考文献
[1] Mitchell JA, Clay I, Umlauf D, et al. Nuclear RNA sequencing of the mouse erythroid cell transcriptome. PLoS One, 2012, 7:e49274.
[2] Zong W, Zhong X, You J, Xiong L, et al.Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress. Plant MolBiol, 2012, [Epub ahead of print]
[3] WarrenA.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.
公司简介
晶能生物技术（上海）有限公司（简称“晶能生物”）成立于2010年2月。自成立以来，高速发展，成为中国生物技术服务行业领先地位的公司。
晶能生物专注健康医疗产品和生命科学领域科技服务，抓住了中国健康医疗产业的巨大机遇和生命科学市场的快速成长势头，形成了以产品研发和科技服务为核心，涉足生命科学，临床疾病、人类健康等领域的产业化服务体系，在产品研发、人才建设、市场营销、销售渠道、专业服务等方面形成极具竞争优势的中国知名的高新技术企业。
晶能生物注重产品开发，成立创新健康医疗研究中心，资深的专家团队、国际先进的仪器设备，完善的管理和研发体系，让中心成为一个充满激情、力量雄厚、极具发展潜力的研发机构。
晶能生物通过ISO9001:2008质量体系认证, 并率先成为illumine CsPro和BioNano官方认证服务商。主要技术平台有BioNano单分子光学图谱平台、Illumina-Hiseq3000高通量测序平台、Illumina-Hiseq2500高通量测序平台、Illumina-Hiseq1500高通量测序平台、Illumina-Miseq高通量测序平台，Illumina-iScan基因芯片平台、Illumina-ECO Real Time PCR平台、Sequenome-质谱分析平台、曙光高性能服务器平台以及各种配套设备，完成项目达到近2000个，完成专利达到近10项，合作客户发表文章影响因子超过400。晶能生物已取得国内二代测序，基因芯片等市场的竞争优势，成为这个行业的领先者。
晶能生物奉行客户第一、共享快乐、共同成长、持续发展的原则，始终怀着感恩的心态，努力做一个让社会、客户、员工和股东满意的企业，并成为提供健康医疗产品和科技服务的领导性公司。
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