SOLiD 4测序系统(又称5500 系列SOLiD测序系统）是由ABI公司研发的新一代超高通量基因测序分析系统，可运用到多个领域。该系统采用结合在磁珠上单分子DNA片段簇为测序模板，以四色荧光标记寡核苷酸进行连续的连接反应为基础，对扩增的DNA片段进行大规模高通量测序。与聚合酶测序方法不同的是，SOLiD系统利用专利的逐步连接（stepwise ligation）技术来产生高质量的数据，可应用于全基因组测序、染色质免疫共沉淀（ChIP）、微生物测序、数字核型分析、临床测序、基因型分析、基因表达分析和小分子RNA的发现等等。

技术特点

1.无以伦比的通量：100Gb的数据/run；

2.高准确率：准确率>99.94%；

3.全自动的操作平台，省时，高效，准确： 每道每天可产生100 M  reads，15Gb/每天；

4.系统的灵活性：两个独立控制的流动池，可以进行一张或二张玻片的同时分析。开放式高密度磁珠沉置，每张玻片可分为1个，4个或8个测序区域，支持多重技术Barcode。

5.应用广泛灵活:超高通量的数据支持大规模测序和结构变异性分析。独特的双碱基编码特性使系统具备自检功能，对单核苷酸多态性（SNP）的检测精确率可以达到最高。以最大通量的标签实验为应用的基础，可以为全转录组、染色质免疫共沉淀（ChIP）和小RNA，甲基化研究等提供高度敏感的检测方法。

6.强大的生物信息软件支持和技术支持

检测原理

1.文库制备（根据实验设计进行）

*隨机片段文库（fragment library）

*末端配对文库（mate-paired library）

2.emPCR（乳滴PCR）/微珠富集在已加入模板，ＰＣＲ反应元件，微珠和引物的微反应器中进行Clonal bead populations(克隆微珠群体）的制备。ＰＣＲ完成之后使模板变性，并进行微珠富集以筛选带有延伸模板的微珠。微珠上的模板经过３‘端修饰，使之可以共价结合到玻片上。

3.微珠沉积

将３’末端修饰的微珠沉积在一块玻片上。

4.通过连接反应进行测序

引物与文库模板上的Ｐ１接头序列杂交，一套四色荧光标记的双碱基探针竞相与测序引物连接。经一系列循环的连接检测和切割，测序反应逐步进行。

5.引物重置

每一核酸片段均与五轮引物重置完成一个序列标签。

应用领域

１，ＤＮＡ测序

２，ＲＮＡ测序

ａ，转录本测序

ｂ，小ＲＮＡ测序

３，甲基化测序

ａ，重硫酸盐处理测序

ｂ，ＭｅＤＩＰ测序

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