基因芯片数据分析服务-生物信息学分析
生物信息学分析
一. 基因芯片结果分析
1. 差异表达基因分析
基因芯片数据标准化、上调基因/下调基因、t-检验（P值）、方差分析（F-检验）、基因聚类（Cluster）、热图（Heatmap）、多样本分子标志物聚类（如肿瘤分子标志物聚类分析）。可分析mRNA表达谱、miRNA表达谱和甲基化基因芯片数据表达谱差异。（结果形式：分析表格、红绿热图、Cluster分类树）
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2. 基因数据相关性分析
分析内容：基因芯片数据质量控制和分析（结果形式：相关性分析结果表格）
3. GO分析（Gene Ontology）
分析内容：包含基因芯片内所有差异表达基因的GO功能注释（结果形式：注释表格）和GO功能富集分析图（结果形式：热图Heatmap和聚类Cluster）。
4. Pathway分析
分析内容：所有差异基因相关的KEGG代谢通路、BioCarta或细胞信号转导通路（Signal Pathway）（结果形式：pathway表格)、Pathway富集分析图（结果形式：热图Heatmap/聚类Cluster ，富集参数表格）
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5. miRNA靶点基因预测和新miRNA预测
分析内容：预测差异表达miRNA的靶点基因、KEGG pathway （结果形式：注释表格）
6. 甲基化位点分析
分析内容：甲基化位点分布，高甲基化/低甲基化位点分布（结果形式：饼图或柱图）
7. SNP位点分析
分析内容：分析某一细胞信号转导通路机制或某一疾病相关的主要SNP位点。（结果形式：分析表格）
二. 基因组测序序列分析
1. 全基因组序列功能注释
分析内容：预测基因组编码区ORF（CDS）、tRNA、rRNA的起始位点和终止位点和长度，并注释基因功能。（结果形式：分析表格）
2. 全基因组序列拼接
分析内容： 将短的测序序列拼接成一个完整的基因组fasta序列文件。（结果形式：fasta序列文件）
3. 全基因序列功能聚类
分析内容： 将基因组所有基因序列进行功能分类 （结果形式： 饼图，功能分类层次表）
4. 系统发育树/物种进化树/分子进化树构建
分析内容：通过ClustalW进行多基因组序列比对，构建不同物种之间的进化树。（结果形式：进化树图，模式可选）
5. 不同基因组序列KEGG代谢通路分析
分析内容：预测基因组基因的KEGG代谢途径。（结果形式：KEGG图谱）
6. 全基因组CDS编码区分布图（circos圈图）
分析内容：绘制全基因组基因分布、tRNA分布和rRNA分布图。（结果形式：circos圈图）
7. 多基因组GO功能差异分析
分析内容：绘制不同物种的基因组GO功能差异图。（结果形式：柱图）
8. 共线性分析
9. SNP位点连锁不平衡分析
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公司简介：
拜珐（上海）信息技术有限公司是一家致力于生物医学、药学、高通量芯片技术、临床前药物开发、分子诊断、个性化治疗，生物检测试剂研发等科研领域的新兴高科技技术公司，总部位于美国亚利桑那州(Arizona –AZ) 。其产品BioPharm生物医药系统（BioPharm Information System）是公司自主研发的应用于药物筛选，生命科学研究，芯片数据分析，疾病机制研究的直观的科研系统。系统内不但有拥有自主知识产权的专业数据库，也有来源于文献资料的可靠的医药学专业信息；它不仅结合了NCBI，EMBL-EBI等已有生物医药数据库信息，也提供了简单易用的检索方式和丰富的检索类别。BPS是生命科学研究的必备工具之一。拥有本系统不但可以使研究者更快更轻松地获得所需的医药学关联信息，也可以极大地提高科学研究效率，把握研究领域的重点，节省宝贵的科研时间。BPS适用于靶向药物筛选，疾病和药物相关基因功能研究，生物芯片数据处理和芯片研发，实验参数查找，医学研究等。公司还致力于开发疾病诊断检测、蛋白芯片、基因芯片MicroArray、药物筛选产品和解决方案。
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