LncPathTM 芯片技术服务

   长链非编码RNA (LncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。近年来的研究表明：LncRNA广泛参与各种信号通路，LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。迄今为止，研究得比较透彻的LncRNA还很少，超过99%的LncRNA的功能和调控机制尚不清楚。为了促进LncRNA的研究，Arraystar公司开发了LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片。LncPathTM 芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因，帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。
 

 
LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片产品列表

LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片特色 
•  对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
•  快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
•  图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
•  创新性的探针设计
•  高效、稳定的标记系统
•  可靠的芯片性能
•  聚焦于与疾病或信号通路相关的少量LncRNA和mRNA，使得数据分析流程更加快速，精准。

对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
    LncPathTM芯片通过整合权威数据库，经典文献和Arraystar LncRNA数据库等资源，对疾病/信号通路特异性的LncRNA进行了全面，可靠的收集，涵盖的LncRNA主要有：1）疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近LncRNAs； 2） 疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码ceRNAs； 3） 已知的与特定疾病或信号通路相关的LncRNAs。

图1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程。

快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
    LncPathTM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因，并且对LncRNA和靶基因的关系进行了详细的注释，能够帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

图2. 通过LncPathTM芯片建立LncRNA的调控机制与其生物学功能之间的联系。

图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
    LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的图形化展示，通过图形化展示客户可以迅速了解LncRNA及其靶基因的关系（图3），方便后续的机制和功能研究，这些图形化展示结果都可以通过Arraystar网站免费获得。

图3. 可能调控WNT信号通路中的关键基因CCND2的LncRNAs详细信息。

创新性的探针设计
    LncPathTM芯片采用了创新性的探针设计：针对每个LncRNA设计转录本特异的LncRNA探针，保证对LncRNA的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针：基因探针和转录本特异性探针。基因探针用于检测基因水平的表达情况，它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达，它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响（图4）。

图4. LncRNA探针：转录本特异性探针，可以准确的检测LncRNA；
      基因探针：用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。
      转录本特异性探针：用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。

高效、稳定的标记系统
    LncPathTM芯片采用了一种高效，灵活的标记系统（图5）。这种标记方法不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的转录本，还可以极大的增加低丰度RNA和降解RNA的cRNA产率，灵敏度比常规标记方法高100倍以上。

图5. 高效，灵活的标记系统。

可靠的芯片性能
高灵敏度：能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA （图6）

图6. LncPathTM芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表Spike-in浓度的log值，纵轴表示Spike-in芯片信号（log2转化后）。

高重复性：Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性（R2>0.9）（图7）

图7. LncPathTM芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应，并根据芯片信号做出散点图，从图中可以看出：芯片间的相关性非常高（R2>0.9），说明LncPathTM芯片平台重复性很好，非常稳定。

LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片应用思路

 康成生物疾病/信号通路特异性LncRNA芯片技术服务流程

1. 样品总RNA抽提

   若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。

   若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。

2. RNA质量检测

   使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。

   使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性

3. 加入Spike-in内参

4. cDNA样品合成和标记

5. 标记效率质量检测

   使用Nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。

6. 芯片杂交

   在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。

7. 图像采集和数据分析

   使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。

8. 提供实验报告

   芯片扫描图

   实验方法中英文报告

   RNA质检报告

芯片数据结果报告，包括差异表达LncRNA列表，差异表达基因列表，差异LncRNA与相应靶基因的详细注释

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上海康成生物工程有限公司自2002年起专注于生物科研技术服务，是国内最早一批专业提供生命科学前沿研究技术服务的高科技企业。为进一步拓展在医学科研服务领域业务的深度和广度，向多谱领域发展，重塑品牌 Aksomics（数谱生物）。Aksomics全面整合公司在非编码RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表观遗传学、蛋白组学等检测方向的核心技术，依靠自身优秀的研发、技术、营销和服务团队，凭借国际领先的技术平台和高标准的质控体系，形成了涵盖表观基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等各个研究领域的一站式技术平台。

【表观基因组学】 DNA甲基化芯片、DNA羟甲基化芯片、染色质免疫共沉淀芯片、DNA甲基化测序、DNA羟甲基化测序、染色质免疫共沉淀测序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【转录组学】LncRNA芯片、LncPath™芯片、环状RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因组表达谱芯片、RNA测序、RNA m6A甲基化测序、small RNAs测序系列（microRNA测序、tRF&tiRNA测序、snoRNA测序、piRNA测序等）、LC-MS tRNA修饰检测、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌症特异性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分类PCR芯片、LncRNA实时定量PCR、环状RNA实时定量PCR、tRF&tiRNA实时定量PCR、microRNA实时定量PCR、mRNA实时定量PCR

【蛋白组学平台】TMT标记定量蛋白组学服务、Lable-free定量蛋白组学服务、磷酸化修饰蛋白组学服务、泛素化修饰蛋白组学服务、N-糖基化修饰蛋白组学服务、乙酰化修饰蛋白组学服务、蛋白-蛋白相互作用组学

【代谢组学】靶向代谢组学、非靶向代谢组学

【外泌体组学】外泌体转录组学、外泌体蛋白质组学、外泌体代谢组学
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