MicroRNA-Seq全面解决方案
Small RNA是一大类调控分子,几乎存在于所有的生物体中。SmallRNA包括:miRNA,ncRNA,siRNA,snoRNA,piRNA,rasiRNA等。SmallRNA通过多种多样的作用途径,包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除,来调控生物体的生长发育和疾病发生。SmallRNA高通量测序作为鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具,实验时首先将18-30 nt范围的Small RNA从总RNA中分离出来,两端分别加上特定接头后体外反转录成cDNA,进一步处理后利用测序仪对DNA片段进行单向末端测序
一、技术路线和方法:
二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01:测序质量评估
Part02:测序结果分类
Part03:microRNA表达量计算
Part04:microRNA差异表达分析
Part05:差异microRNA靶基因预测
Part06:靶基因GO分类
Part07:靶基因pathway分析
Part08:microRNA与靶基因调控网络构建
2.2 高级数据分析
Part09:新microRNA预测
Part10:转录因子预测分析
Part11:microRNA SNP分析
Part12:micrRNA 进化分析
三、二代测序平台
Illumina 平台 | 测序平台 | 模式 | 数据量 | 一个lane 样品数 |
货号 |
SmallRNA-seq | Hiseq2500 | 1×36 | 3-4M reads | 12 | BT2000211 |
SmallRNA-seq | Hiseq2500 | 2×50 | 3-4M reads | 12 | BT2000212 |
公司介绍:上海百趣生物医学科技有限公司(简称百趣生物)成立于2013年4月,是一家专业提供生命科学前沿研究技术应用、咨询及开发的高新技术企业。百趣生物专注于创新质谱技术在生命科学研究与医学健康两大领域的应用,尤其在生命科学研究领域,公司在国内市场获得了优秀的口碑。自成立以来,百趣生物相继被认定为国家高新技术企业、高新技术成果转化项目、上海市科技型中小企业技术创新资金资助项目,百趣实验室相继取得了病原微生物实验室BSL-2备案、CMA认证。公司目前已经建立并完善的代谢组学平台,包括非靶标代谢组、高通量靶标代谢组、常规靶标代谢组、脂质组学、代谢流检测,同时建立了蛋白质组学平台,提供靶向及非靶向蛋白组学、修饰蛋白质组学、多肽组学等业务。
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