表达谱芯片技术服务
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基因组DNA转录形成的包括mRNA、miRNA、lincRNA、rRNA、tRNA等所有类型RNA的集合统称为转录组（Transcriptome）。以检测细胞内部所有mRNA及其差异剪切形式为目的的基因芯片技术，称之为表达谱芯片。 Agilent和Affymetrix公司是基因芯片技术领域中最著名的两家一线品牌公司。华盈生物充分利用两家公司各自基因芯片产品的特点，为国内广大科研人员提供多元化和个性化的转录组学技术服务。 |
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技术服务内容： |
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1. Agilent 表达谱芯片
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| 芯片名称：Agilent Human lncRNA Microarray v4.0 (4×l80K) 芯片介绍：华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的人类表达谱芯片，除了涵盖32,776条Entrez Gene RNAs的探针外，更设计了78,243条lncRNA探针，lncRNA数据库来源于Broad Institute、 Human Body Map lncRNAs、TUCP catalog、UCSC lncRNAs Transcripts、GENCODE 18、NONCODE V4.0、Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA (UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多个数据库。 芯片名称：Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression Microarray v2 (8x60K) 芯片介绍：安捷伦基于G3平台最新设计的人类表达谱芯片，将编码和非编码RNA整合在单张芯片上。除检测30,000条Entrez Gene RNAs外，还涵盖了12,000条lncRNAs。该芯片可同时检测蛋白编码RNA和非编码RNA的表达量变化。通过分析二者之间的相互关系，有助于预测lncRNA生物学功能。探针设计参照的数据库为：RefSeqBuild36.3；EnsembleRelease 52；Unigene Build 216；GenBank (April 2009)。lncRNA探针是Agilent和John Rinn 实验室（麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所）共同设计的。
芯片名称：Agilent Whole Human Genome Gene Expression Microarray v2 (4x44K) 芯片介绍：Agilent的人全基因组表达谱芯片，包含27,958条EntrezGeneRNA。序列信息源于：RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 。芯片名称：Agilent Mouse lncRNA Microarray v2.0 (4×l80K) 芯片介绍：华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片，除了涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外，更涵盖了约51,302 条lncRNA探针。lncRNA数据库来源于NONCODE V3.0、Ensembl、 RefSeq、Ultra-conserved region encoding IncRNA (UCR)> lncRNAdb、ncRNA 等多个数据库。芯片名称：Agilent SurePrint G3 Mouse Expression Microarray (8x60K) 芯片介绍：该款芯片涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外，更涵盖16,251条lncRNA。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。芯片名称：Agilent Rat lncRNA Microarray v2.0 (8×60K) 芯片介绍：华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的大鼠表达谱芯片，除了涵盖约30,000条Entrez Gene RNAs外，更涵盖了约10,000条lncRNAs。lncRNA数据来源于航天医学基础与应用国家重点实验室的大鼠lncRNA测序数据，及 Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA (UCR)、lncRNAdb、lncRNA等多个权威公共数据库。芯片名称：Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression Microarray (8x60K) 芯片介绍：安捷伦基于G3平台设计的大鼠表达谱芯片，涵盖30,003条Entrez Gene RNAs。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 36.2；Ensembl Release 55；Unigene Build 177；GenBank (January 2009) |
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2. Affymetrix 表达谱芯片
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| 芯片名称：Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0 芯片介绍：HTA2.0为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过六百万条不同探针，覆盖编码和非编码转录本。该芯片上70%的探针覆盖编码转录本的外显子，其余30%的探针覆盖外显子之间的剪接位点和非编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db和Broad Institutee, Human Body Map lncRNAs and TUCP catalog等多个权威公共数据库。 芯片名称：Affymetrix GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array 芯片介绍：U133 Plus 2.0包含了47,000个转录本，代表了38,500个明确的人类基因。数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database(Build 159 January 25 2003)、Washington University EST trace repository、NCBI human genome assembly(Build 31)。芯片名称：Affymetrix GeneChip® GeneChip Human Gene 1.0 ST Array 芯片介绍：Human Gene 1.0 ST 覆盖99%人类转录本，芯片包含764,885个探针，每个基因用大约25个探针来检测，可检测28,869个功能明确基因的表达情况。数据来源于RefSeq，Ensembl，GenBank，UCSC。
芯片名称：Affymetrix GeneChip® Mouse Transcriptome Array 1.0 芯片介绍：MTA1.0为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过五百万条不同探针，覆盖编码和非编码转录本。该芯片设计的探针覆盖超过114,000个蛋白编码转录本和超过101,000个非蛋白编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db、MGI和Intergenic noncoding RNA from Luo, et al (doi:10.1371/journal.pone.0070835)等多个权威公共数据库。
芯片名称：Affymetrix GeneChip® Mouse Gene 1.0 ST Array 芯片介绍：Mouse Gene 1.0 ST同时检测mRNA和lncRNA，芯片包含770,317个探针，每个基因用大约25个探针来检测，可检测28,853个功能明确基因的表达情况，另外还可检测8条lncRNA转录本。数据来源于RefSeq，Enseml，GenBank和lncRNAdb。芯片名称：GeneChip® Rat Gene 1.0 ST Array 芯片介绍：Rat Gene 1.0 ST覆盖全转录本，芯片包含722,254个探针，每个基因用大约25个探针来检测，可检测27,342个功能明确基因的表达情况。数据来源于RefSeq Release， Ensembl Release，GenBank，UCSC和RGSC。 |
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芯片实验流程：
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数据分析流程：
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上海华盈生物医药科技有限公司 位于上海闵行区绿洲环路396弄5幢4层，是医学生物技术领域的特色高科技企业。2012年3月，华盈生物由原生物芯片上海国家工程研究中心副主任即技术平台建设主要负责人张庆华博士发起创建。张庆华博士是国家生物芯片标准化委员会等多个国家级学会的委员，承担和参与了国家重大科技专项、“863”、“973”、自然科学基金等多个科研项目，被多所重点高校聘为博士生导师，并享受国务院特殊津贴。
华盈生物以科学和专业为服务理念，视人才队伍为企业生命，汇聚了多名多年从事基因组学与系统生物学研究的高层次研究人员。公司团队中 30% 成员具有博士学历，40% 成员具有硕士学历，30% 成员具有大学本科学历，是一支名副其实的高学历科技人才队伍。严谨、严格、创新和求真务实的工作作风贯彻公司上下。
华盈生物以蛋白与抗体芯片的技术研发与推广为核心，与美国 Full Moon、RayBiotech、CDI 等国际专业公司结成战略伙伴，与美国John Hopkins大学、上海交通大学、复旦大学等知名院校展开紧密合作。引进和开发了丰富的蛋白芯片与抗体芯片技术平台，提供信号通路蛋白质磷酸化、胞内蛋白质表达、细胞因子表达、蛋白质相互作用、血清抗体谱筛选等多项蛋白水平组学技术服务项目。同时，公司充分发挥核心团队系统生物学研究背景优势，积极发展基因表达谱芯片、microRNA芯片、LncRNA芯片、PCR Array等多项基因水平研究技术服务，力求通过强大的数据挖掘与分析延伸服务打造出一个立体的组学科研技术服务体系，实现广大科研工作者“一站式”科研服务的愿望。
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