测序/合成

动植物基因组从头测序

基本信息
服务名称：
动植物基因组从头测序
英文名称：
参考报价：
服务商：
上海派森诺生物科技有限公司
总点击数：
1111
更新日期：
2013-09-03
服务类别：
测序/合成
服务详情
动植物基因组从头测序
简介：基因组从头测序也叫de novo测序，是指对基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的某个物种，对其不同长度基因组DNA片段及其文库进行序列测定，然后用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，从而获得该物种完整的基因组序列图谱。能在第一时间提供专业、合理、高性价比的测序服务。全国统一客服热线：4009-202-898

 

一、技术路线

动植物基因组de novo测序的主要策略：一是对短片段Shotgun文库（300-1000 bp）进行深度测序，确保序列覆盖度和测序准确性，获得基因组基本序列信息；二是构建较长插入片度的mate pair文库（3kb、8 kb、10 kb、20 kb）并测序，确定短片段序列间的相对位置，通过拼接组装获得基因组序列框架；三是通过PCR扩增技术获得序列间断开部分（gap）DNA片段并进行一代测序，从而获得完整基因组序列。在此基础上通过生物信息学方法进行基因注释和分析。

 

推荐平台：Roche 454 FLX+数据为主，结合Illumina HiSeq 2000和ABI 3730XL 数据。

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.基因组序列拼装与分析：

 基因组序列拼装

 基因组拼装效果评估 (contig N50、scaffold N50、genome size and GC% )

 比较基因组分析（进化速率分析、亲缘关系分析、SNPs、CNV、共线性以及重复片段分析）

 

 

3.功能元件分析：

 蛋白编码基因预测

 非编码 RNA预测

 蛋白编码基因的功能注释

 蛋白编码基因的KOG和 GO 注释

 蛋白编码基因的代谢途径注释（KEGG pathway）

 

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 DNA样品：浓度≥200 ng/μl，总量≥500 μg，OD260/280值应在1.8-2.0之间，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留， 对打断DNA样品带来非常大的困难，且很难去除，因此特别要求所提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。

 

2、 动物样品：样品最好来自纯系，对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样，对于珍贵物种请提供耳样、毛发（带毛根）等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响，尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小，从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需，在保证量的前提下，应尽量减少采样个体的数量。

 

3、 植物样品：样品最好来自纯合体或单倍体。需为黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组织样品。



 

四、派森诺优势

派森诺生物拥有多个先进的测序平台，根据合作伙伴的具体需求，设计最佳的实验方案，提供最高效的全基因组de novo测序服务。Roche 454 FLX+具有长读长的特点，适合动植物的全基因组测序，结合Illumina和ABI 3730测序平台，能够针对各种基因组搭配出最合适的测序流程。

 

派森诺生物拥有经验丰富的技术人员以及成熟的数据处理和信息分析系统，能在第一时间提供专业、合理、高性价比的测序服务。

 

案例：

 动物基因组测序

 

 

双峰驼基因组
双峰驼全基因组序列图谱
项目背景：项目是对一个八岁的野生雄性双峰驼及一个六岁的阿拉善双峰驼进行全基因组序列测定和系统分析。利用高通量测序技术，近历时2年时间完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和解析工作。
研究目的：绘制双峰驼基因组序列图谱，破解双峰驼极端环境生存密码。
 
测序数据结果

 

信息分析结果

 

公司简介

        上海派森诺生物科技有限公司（以下简称“派森诺生物”）成立于2011年4月，公司总部位于上海市徐汇区，是在已有DNA一代测序合成平台基础上，以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托，吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。

公司之所以取名派森诺生物（Personalbio）是这样考虑的：首先，人类基因组计划实施和完成，全面开启了生命科学新纪元，其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代；其次，测序技术的飞速发展，以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外，由于生物种类和客户需求目标的多样性，要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐，2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台（Roche 454 FLX+ system）和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台（Illumina MiSeqTM），目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量测序平台，确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队，在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上，将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺，将为广大合作伙伴提供三大免费服务：免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列，诠释生命”作为企业理念，秉承“立足客户需要，满足个性需求”的服务宗旨，专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国，包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等，已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目，受到合作伙伴的认同和好评。
售后服务
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