测序/合成

微生物基因组从头测序

基本信息
服务名称：
微生物基因组从头测序
英文名称：
参考报价：
服务商：
上海派森诺生物科技有限公司
总点击数：
1061
更新日期：
2013-09-03
服务类别：
测序/合成
服务详情
微生物基因组从头测序
简介：基因组从头测序是指不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。微生物生物多样性丰富，基因组具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点，因此很必要对微生物进行全基因组测序。

 

一、技术路线

  

推荐平台：Roche 454 FLX+ 数据为主导，结合Illumina MiSeq和ABI 3730XL数据。

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.基因组序列拼装与分析：

 基因组序列拼装

 基因组拼装效果评估 (contig N50、scaffold N50、genome size and GC% )

 缺口填补（gap finish） 

 比较基因组分析（基因组进化树分析、SNPs、共线性以及重复片段分析）

 绘制基因组图谱

  

3.功能元件分析：

 蛋白编码基因预测

 非编码 RNA预测

 CRISPRs预测

 蛋白编码基因的功能注释

 蛋白编码基因的KOG和 GO 注释

 蛋白编码基因的代谢途径注释（KEGG pathway）

  

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 细菌：浓度≥200 ng/μl，总量≥50 μg；OD260/280值介于1.8-2.0之间的细菌基因组DNA，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100 kb以上，DNA无降解，无污染。 
  

2、 真菌：样品浓度≥200 ng/μl，总量≥50 μg，OD值介于1.8-2.0之间的DNA，样品浓度越高越好。真菌的De novo 测序获得精细图，若基因组大小介于10~45Mb之间，需提供至少100μg的DNA，若基因组大小大于45Mb，则需200 μg的DNA。
  

3、 样品保存期间切忌反复冻融。

 

4、 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm 膜密封。

 

5、 提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。


 

四、派森诺优势

Roche 454 FLX+ System作为二代测序系统中读长最长的测序系统（最长可达1000 bp），是进行基因组de novo测序的最佳选择。同时配合双端测序试剂盒，进行3 kb、8 kb和20 kb三种不同插入长度的双端测序，使得在拼接中能够跳过大范围的重复区，极大地优化了全基因组de novo拼接的结果。再结合Illumina和ABI 3730测序平台，将为您提供高质量的微生物基因组de novo测序服务。

 

派森诺生物拥有多个先进的测序平台，经验丰富的技术人员及成熟的数据处理和信息分析系统，能够根据合作伙伴的具体需求，设计最佳实验方案，第一时间提供专业、高效的全基因组de novo测序服务。

 

案例 

微生物基因组从头测序

 

某细菌基因组

 

项目背景：基因组较大，GC含量高

 

研究目的：进行全基因组测序，了解基因组的全貌

 

 

测序数据展示

 

 

 

 

 

 

公司简介

        上海派森诺生物科技有限公司（以下简称“派森诺生物”）成立于2011年4月，公司总部位于上海市徐汇区，是在已有DNA一代测序合成平台基础上，以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托，吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。

公司之所以取名派森诺生物（Personalbio）是这样考虑的：首先，人类基因组计划实施和完成，全面开启了生命科学新纪元，其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代；其次，测序技术的飞速发展，以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外，由于生物种类和客户需求目标的多样性，要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐，2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台（Roche 454 FLX+ system）和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台（Illumina MiSeqTM），目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量测序平台，确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队，在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上，将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺，将为广大合作伙伴提供三大免费服务：免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列，诠释生命”作为企业理念，秉承“立足客户需要，满足个性需求”的服务宗旨，专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国，包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等，已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目，受到合作伙伴的认同和好评。
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