转录组测序
服务详情
转录组测序
与参考基因组比对
蛋白编码基因的表达量分析
蛋白编码基因的表达量差异分析
差异表达的蛋白编码基因的聚类分析（热图）
差异表达基因富集分析（GO、KEGG）
SNPs的分析（SNPs鉴定、同义/非同义突变、与已有SNPs数据库比对）
可变剪切分析
UTR区域鉴定
新基因/新转录本分析
序列拼装及拼装统计
Unigene功能注释
Unigene的功能聚类分析（KOG、GO）
Unigene的代谢途径分析（KEGG pathway）
Unigene的表达量分析
Unigene的表达量差异分析
差异表达的Unigene的聚类分析（热图）
差异表达的Unigene的富集分析（KOG、GO、KEGG）
SNPs的鉴定
简介：转录组是指某个物种的特定组织或细胞在某一生理功能状态下所有转录的mRNA产物的集合，是基因组遗传信息传递和表达的重要步骤和过程。高通量转录组测序可以获得大量转录本序列信息，定量基因转录表达水平，获得基因组转录区域及其位点信息等，在基因组序列拼接注释、样品间基因转录差异表达及其功能研究等方面有重要作用。
一、技术路线
有参考基因组的转录组分析技术路线
推荐平台：Illumina HiSeq 2000、Illumina MiSeq
无参考基因组的转录组分析
推荐平台：Roche 454 FLX+
二、信息分析
有参考基因组的转录组
1.原始数据整理、过滤及质量评估
2.转录组测序分析：
与参考基因组比对 蛋白编码基因的表达量分析 蛋白编码基因的表达量差异分析 差异表达的蛋白编码基因的聚类分析（热图） 差异表达基因富集分析（GO、KEGG） SNPs的分析（SNPs鉴定、同义/非同义突变、与已有SNPs数据库比对） 可变剪切分析 UTR区域鉴定 新基因/新转录本分析3.根据客户需求进行个性化分析
无参考基因组的转录组
1.原始数据整理、过滤及质量评估
2.转录组测序分析：
序列拼装及拼装统计 Unigene功能注释 Unigene的功能聚类分析（KOG、GO） Unigene的代谢途径分析（KEGG pathway） Unigene的表达量分析 Unigene的表达量差异分析 差异表达的Unigene的聚类分析（热图） 差异表达的Unigene的富集分析（KOG、GO、KEGG） SNPs的鉴定3.根据客户需求进行个性化分析
三、送样要求
1、 组织样品：要求动物、植物、微生物总量大于2 g的新鲜样品（植物材料应尽量选取幼嫩部位）。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻，保存于-80℃（保存期不超过一个月），送样时使用干冰运输（不超过72 h）；提取RNA后经变性电泳，保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。
2、 细胞样品：先使用TRIzol试剂进行处理，每0.25 mL样品（5-10×106个细胞）加入0.75 mL TRIzol试剂（可参考TRIzol试剂说明书），于-80℃保存，并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。
3、 总RNA：浓度≥250 ng/μl，总量≥50 μg；OD 260/280介于1.8-2.2之间，OD 260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5；RIN值≥8.0；并确保RNA无降解，无污染；或提供浓度≥50 ng/μl，总量≥1 μg的mRNA。同时，提供质量检测相关数据和图片，包括分光光度计、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据。
4、 样品保存期间切忌反复冻融。
5、 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
四、派森诺优势
1）无参考基因组的转录组测序：
a) 质量高：接近第一代Sanger测序的读长，可同时跨过多个外显子和剪切位点，最大程度减少对拼接算法的依赖。
b) De novo拼接：得到更高质量的基因序列
c) Map到基因组：得到更高精度的基因结构
d) 灵敏度高：提供最接近转录本长度的高通量测序数据，可以最大可能的得到低丰度转录本的全长序列。
e) 分析成熟：在Roche 454 FLX基础上发展起来的Roche 454 FLX+，有着成熟的分析软件和分析流程。
2）有参考基因组的转录组测序：
a) 派森诺生物的IlluminaMiSeq/HiSeq测序平台是基因组序列已知物种的转录组分析的最佳平台。
b) IlluminaHiSeq测序平台采用双端测序方法，单次测序获得的数据量大，能够得到更高的覆盖深度，检测更多低丰度的转录本。
c) IlluminaMiSeq测序平台操作灵活，不需要跟别的样本凑足一个Run，只要您的样品准备好了，平台马上能为您运行。
d) 成熟的生物信息学分析系统。
公司简介
上海派森诺生物科技有限公司（以下简称“派森诺生物”）成立于2011年4月，公司总部位于上海市徐汇区，是在已有DNA一代测序合成平台基础上，以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托，吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。
公司之所以取名派森诺生物（Personalbio）是这样考虑的：首先，人类基因组计划实施和完成，全面开启了生命科学新纪元，其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代；其次，测序技术的飞速发展，以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外，由于生物种类和客户需求目标的多样性，要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐，2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台（Roche 454 FLX+ system）和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台（Illumina MiSeqTM），目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量测序平台，确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队，在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上，将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺，将为广大合作伙伴提供三大免费服务：免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列，诠释生命”作为企业理念，秉承“立足客户需要，满足个性需求”的服务宗旨，专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国，包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等，已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目，受到合作伙伴的认同和好评。
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