测序/合成

Small RNA测序

基本信息
服务名称:
Small RNA测序
英文名称:
参考报价:
总点击数:
850
更新日期:
2013-09-03
服务类别:

服务详情

 Small RNA测序

简介:Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA、piRNA。Small RNA在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色,甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。高通量测序技术可以对样本中所有Small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNA、siRNA、piRNA、其它非编码RNA以及相应的靶基因序列。

 

一、技术路线

 

推荐平台:Illumina MiSeq

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.小RNA的注释:

 小RNA定位到基因组

 其它序列(tRNA、rRNA、intron、exon、snoRNA、snRNA)注释

 microRNA注释

  piRNA注释

  

3.microRNA分析:

 microRNA的表达量分析

 microRNA的表达量差异分析

 microRNA表达模式聚类分析(热图)

 microRNA保守性分析

 靶基因预测

 网络分析(靶基因互作网络)

 新microRNA预测 

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 总RNA:浓度≥750 ng/μl,总量≥20 μg;OD 260/280介于1.8-2.2之间,OD 260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;RIN值≥8.0;并确保RNA无降解,无污染。或者提供浓度≥20 ng/μl,总量≥200 ng的 Small RNA样品。同时提供Small RNA样品QC数据,包括电泳图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。

 

2、 提取总RNA时,请避免使用过柱法和LiCl沉淀法,以避免Small RNA的丢失。

 

3、 样品保存期间切忌反复冻融。

 

四、派森诺优势

派森诺生物利用Illumina MiSeq/HiSeq两大测序平台提供优质的Small RNA测序服务。其中IlluminaMiSeq平台具有测序周期短(1×35 bp模式的测序时间仅8小时)、分辨率高、精确度高、重复性好等优点。Illumina HiSeq平台具有费用低廉、通量高等优点,为Small RNA分子的发现和研究提供了极高的覆盖深度,能够检测丰度极低的稀有Small  RNA。

 

派森诺生物将根据合作伙伴的实际需要,选择合适的测序平台为您提供个性化的高品质Small RNA测序服务。凭借经验丰富的测序团队、专业的信息分析人员和全面的技术支持,能在第一时间为您提供实验方案,解决实验问题,分析实验结果。

公司简介

        上海派森诺生物科技有限公司(以下简称派森诺生物)成立于20114月,公司总部位于上海市徐汇区,是在已有DNA一代测序合成平台基础上,以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托,吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。

公司之所以取名派森诺生物(Personalbio)是这样考虑的:首先,人类基因组计划实施和完成,全面开启了生命科学新纪元,其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代;其次,测序技术的飞速发展,以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外,由于生物种类和客户需求目标的多样性,要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐,2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台(Roche 454 FLX+ system)和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台(Illumina MiSeqTM),目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTMRoche 454 FLX+三大高通量测序平台,确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队,在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上,将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺,将为广大合作伙伴提供三大免费服务:免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列,诠释生命”作为企业理念,秉承立足客户需要,满足个性需求的服务宗旨,专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国,包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等,已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目,受到合作伙伴的认同和好评。

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