测序/合成

环境微生物多样性检测

基本信息
服务名称：
环境微生物多样性检测
英文名称：
参考报价：
服务商：
上海派森诺生物科技有限公司
总点击数：
3688
更新日期：
2013-09-03
服务类别：
测序/合成
服务详情
环境微生物多样性检测
简介：宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。

 

一、技术路线

 

 

推荐平台：Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.OTU列表生成及注释

 

3.基于物种丰度分析：

 稀释曲线

 Alpha多样性分析

 物种丰度差异分析

 聚类分析（热图）

 多元统计分析（根据实验设计）

 

3.基于群落结构分析：

 单样品物种分布

 多样品物种分布

 含进化关系的物种分布

 Beta多样性分析（PCoA、NMDS）

 

5.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 样品采集：由于环境条件的变化对微生物影响很大，因此要求样品采集条件保持高度一致。为了防止微生物死亡或DNA降解，采样后立即冷冻保存。

 

2、 样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子会影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定合适，建议按公司要求采用专用试剂盒提取。基因组DNA浓度＞50 ng/μl，总量＞5 μg，OD 260/280在1.8-2.0之间，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。

 

3、 样品保存期间切忌反复冻融。

 

4、 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。


 

四、派森诺优势
派森诺生物拥有多个先进的测序平台，根据合作伙伴的具体需求，设计最佳的实验方案，提供最高效的环境微生物多样性检测测序服务。Roche 454 FLX+具有长读长的特点，适合多V区检测，结合Illumina和ABI 3730测序平台，能够针对各种基因组搭配出最合适的测序流程。
派森诺生物拥有经验丰富的技术人员以及成熟的数据处理和信息分析系统，能在第一时间提供专业、合理、高性价比的测序服务。
公司简介

        上海派森诺生物科技有限公司（以下简称“派森诺生物”）成立于2011年4月，公司总部位于上海市徐汇区，是在已有DNA一代测序合成平台基础上，以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托，吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。

公司之所以取名派森诺生物（Personalbio）是这样考虑的：首先，人类基因组计划实施和完成，全面开启了生命科学新纪元，其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代；其次，测序技术的飞速发展，以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外，由于生物种类和客户需求目标的多样性，要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐，2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台（Roche 454 FLX+ system）和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台（Illumina MiSeqTM），目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量测序平台，确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队，在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上，将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺，将为广大合作伙伴提供三大免费服务：免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列，诠释生命”作为企业理念，秉承“立足客户需要，满足个性需求”的服务宗旨，专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国，包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等，已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目，受到合作伙伴的认同和好评。
售后服务
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