测序/合成

简化基因组测序

基本信息
服务名称:
简化基因组测序
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1334
更新日期:
2013-09-03
服务类别:

服务详情

 简化基因组测序

简介:简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用RAD-seq和生物信息学方法,设计标记开发方案,富集特异性长度片段,应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。

 

一、技术路线

 

推荐平台:Illumina HiSeq 2000

 

 

二、信息分析

1)未知参考基因组的信息分析流程

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.标记位点分析:

 标记位点鉴定

 SNPs位点鉴定

 

3.应用分析:

 SNP单体型图谱分析

 全基因组关联分析(GWAS)

 连锁分析和QTL定位

 种群进化分析

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

 2)已知参考基因组的信息分析流程   

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.标记位点分析:

 标记位点在基因组上定位

 标记位点鉴定

 SNPs位点鉴定

 

3.应用分析:

 SNP单体型图谱分析

 全基因组关联分析(GWAS)

 连锁分析和QTL定位

 种群进化分析

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,每个样品重量>10 g。

 

2、 血液样品:每份新鲜血液样本的体积>5 mL。

 

3、 植物样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,每个样品重量>10 g,干冰或者液氮保存寄送。

 

4、 DNA样品:请提供浓度>100 ng/μl,总量>20 μg的DNA,OD 260/280介于1.8~2.0之间,并确保DNA无降解。

 

5、 样品保存期间切忌反复冻融。

 

6、 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm 膜密封。

公司简介

        上海派森诺生物科技有限公司(以下简称派森诺生物)成立于20114月,公司总部位于上海市徐汇区,是在已有DNA一代测序合成平台基础上,以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托,吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。

公司之所以取名派森诺生物(Personalbio)是这样考虑的:首先,人类基因组计划实施和完成,全面开启了生命科学新纪元,其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代;其次,测序技术的飞速发展,以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外,由于生物种类和客户需求目标的多样性,要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐,2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台(Roche 454 FLX+ system)和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台(Illumina MiSeqTM),目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTMRoche 454 FLX+三大高通量测序平台,确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队,在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上,将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺,将为广大合作伙伴提供三大免费服务:免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列,诠释生命”作为企业理念,秉承立足客户需要,满足个性需求的服务宗旨,专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国,包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等,已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目,受到合作伙伴的认同和好评。

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