SSR分子标记开发
服务详情
简介：SSR（Simple Sequence Repeats），又叫微卫星DNA(Microsatellite DNA)。重复单元很短，只有1-6 bp；重复数可变，总长度为几十个bp，分布于整个基因组的不同位置上。微卫星DNA两端的序列一般是相对比较保守的单拷贝序列，据此可设计特异引物进行PCR扩增。根据串联重复数不同，便可以揭示微卫星DNA长度的多态性，具长度多态性的片段可用作分子标记。微卫星标记因具多态性丰富、重复性好、共显性等优点广泛应用于遗传图谱构建、种群遗传学、指纹分析、系统发育等研究领域。
一、技术路线
二、信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
1.1 测序数据量统计
1.2 测序质量评估
l 单碱基质量分布
l 碱基GC含量
l 模糊碱基分布
2. SSR分析
2.1 SSR搜索
l 重复序列信息
l SSR碱基分布
l 不同长度SSR分布
2.2 引物设计
l 引物列表
3. 样品间SSR聚类及统计比较
l 相似SSR统计
l SSR多重比对
三、送样要求
1） 基因组DNA：浓度≥100 ng/μl，总量≥10 μg，OD260/280介于1.8~2.0之间，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。
2） 血液样品：≥1ml，请使用专业抗凝管储存样品。
3） 动物组织样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，各样品重量＞10g，干冰或液氮保存寄送。
4） 植物组织样品：要求新鲜较嫩的叶片组织，各样品重量＞10g，干冰或液氮保存寄送。
5） 样品中有多糖、糖蛋白的残留，往往对打断DNA样品带来非常大的麻烦，且很难去除，因此特别要求，客户提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。
6） 样品保存期间切忌反复冻融。
7） 请使用冰袋或干冰运输，避免DNA降解。
8） 请填写完整的送样单，用自封袋密封后随同样品一起送样。
四、适用领域
传统的SSR分子标记过程中存在挑克隆建库等繁琐的实验流程，而本方案是通过高通量测序的方法来寻找一条高效快速的取代途径。
1、可进行未知基因组的物种进行SSR标记开发。
2、文库筛选率高，可最高达70%；而传统方法筛选率在30%左右。
3、数据产出量高，可得到几十万条包含SSR位点的序列。
4、结合高通量测序技术及强大的生物信息分析技术，可对整个未知基因组进行搜寻，提高分子标记的开发力度。更容易发现新的SSR标记。
5、更专业的SSR标记分析系统，个性化的数据分析。
公司简介
上海派森诺生物科技有限公司（以下简称“派森诺生物”）成立于2011年4月，公司总部位于上海市徐汇区，是在已有DNA一代测序合成平台基础上，以上海交通大学等海内外高等学校和科研院所的专家教授团队为技术依托，吸纳了多名基因组学和生物信息学高级专业技术人员加盟组成的高科技生物技术公司。
公司之所以取名派森诺生物（Personalbio）是这样考虑的：首先，人类基因组计划实施和完成，全面开启了生命科学新纪元，其正带动着生物科学研究和应用进入个性化时代；其次，测序技术的飞速发展，以测序中心独揽天下的局面也将被以实验室为单位个性化形式所打破和取代。另外，由于生物种类和客户需求目标的多样性，要求有针对性、个性化的专业服务。
派森诺生物紧紧跟踪全球测序技术发展步伐，2011年率先引进了亚太区第一台罗氏升级版测序平台（Roche 454 FLX+ system）和中国第一台Illumina新一代个人化测序平台（Illumina MiSeqTM），目前拥有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量测序平台，确保了对不同类型、不同物种的测序需要。
派森诺生物拥有一支实力雄厚的序列测定和信息分析团队，在为合作伙伴提供标准化信息分析服务的基础上，将根据客户需要提供个性化的数据分析与培训。派森诺生物承诺，将为广大合作伙伴提供三大免费服务：免费设计科学合理的实验方案、免费提供常规生物信息分析和免费修改润色英文文稿。
派森诺生物始终以“解析序列，诠释生命”作为企业理念，秉承“立足客户需要，满足个性需求”的服务宗旨，专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、RNA测序、简化基因组及外显子捕获等技术服务。
目前公司合作伙伴遍布全国，包括中国科学院、中国农业科学院、上海交通大学、华东理工大学、内蒙古农业大学、南京大学、瑞金医院、新华医院、国家海洋局第一海洋研究所、华中农业大学、华南农业大学、温州医学院、上海海洋大学、山东农业大学、重庆市畜牧科学院、扬州大学等，已经完成和正在进行多项国家和省市重大或重点科研项目，受到合作伙伴的认同和好评。
售后服务
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