代做ChIP实验
第一步、细胞的甲醛固定
交联所用的甲醛终浓度约为1%,而交联时间需要预实验来确定。交联时间如果过长,细胞染色质难以用超声波破碎,影响ChIP结果,而且实验材料也容易在离心过程中丢失。交联时间如果过短,则交联不完全,产生假阴性。甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。通常的交联条件为室温10 min。
第二步、超声波断裂染色质
甲醛交联后的染色质对限制酶和DNase I高度抵抗,因此通常使用超声使得染色质断裂。超声波是使用机械力断裂染色质,容易引起升温或产生泡沫,这都会引起蛋白质变性,进而影响ChIP的效率。所以在超声波断裂染色质时,要在冰上进行,且要设计时断时续的超声程序,保证低温。总超声时间也不要太长,以免蛋白降解。打断后的染色质片段的长度主要集中在200-1000bp左右(可以用琼脂糖凝胶电泳来鉴定)。
第三步、用特异性抗体与目的蛋白结合,免疫沉淀蛋白和DNA复合物。
抗体的量要进行优化,防止非特异的结合。用Protein-A/G Sepharose回收免疫沉淀复合体。经过洗涤除去非特异结合的染色质。
第四步、65℃解交联蛋白质和DNA复合物,消化蛋白质,纯化富集的DNA。
在免疫沉淀复合体中加人不含DNase的RNase和蛋白酶K,65℃保温6h以上,使交联逆转。交联逆转后用QIAquick DNA cleanup system纯化回收DNA。纯化的DNA极少,可用NanoDrop? ND-1000仪定量。
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