1. 技术原理与实验流程

1.1遗传位标的选择

45个SNP位点在小鼠基因组上的分布如图1所示，针对各SNP位点侧翼进行引物和探针设计。

                                           图1 48个SNP位点在小鼠基因组上的分布

1.2技术原理--高通量PCR-LDR分型

      高温连接酶检测反应技术是一种成熟的SNP分型检测方法。其原理是高温连接酶检测到模板DNA与两条探针DNA的接头处存在着碱基错配，则连接反应不能进行,如图2所示。针对这45 SNP位点，将其分成4组（图1中a,b,c,d），每组进行多重PCR-LDR分型。

 图2：LDR反应原理示意图

1.3实验流程

     实验流程见图3

 图3：实验流程图

2实验结果及分析

2.1测序仪检测结果

     PCR-LDR 产物测序仪检测结果如图4，从图中可见，分型信号清晰唯一，无杂信号的干扰。此外，对部分位点经sanger测序验证，分型准确度为100%。

                                                 图4：测序仪检测结果（第二组为例）

2.2遗传质量检测的有效率

对10个近交系小鼠的3批样本（共66个）进行检测，结果显示，不同来源的相同品系SNP状态完全一致。45个SNP位点全出的概率为100%。表明这套方案对于实验中的样本45个SNP位点完全有效。同时所测样本在这些位点处基因型均为纯合，验证了这十个常见近交系小鼠品系为纯系。

十个品系间两两进行位点差异比较（共45对），最大差异位点数为29个，最小位点差异数7个；平均差异位点个数为19，差异位点数中值为20(图5)。由此可见45个SNP位点在这十个常见近交系小鼠品系中的鉴定效率较高。

图5  任意两个品系差异等位基因数目的分布图

3 服务流程

3.1 标准服务流程

1)客户沟通，确认检测小鼠品系以及样本数，提示实验可行性。

2) 建立实验方案，并在此过程中和客户保持密切沟通。

3) 大规模实验，有严格的指控流程保证实验结果可靠

3.2 实验数据质量控制流程

1) 所有分型信号要求信号清晰唯一，排除不确定信号干扰。

2) 每板数据中都有阴性对照，质控PCR和LDR污染数据。

3) 整个实验服务流程有15%的双盲重复对照，保证数据准确可靠。