测序/合成

转录组分析

基本信息
服务名称:
转录组分析
英文名称:
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总点击数:
967
更新日期:
2013-08-26
服务类别:

服务详情

 转录组是指一个活细胞在特定状态下所能转录出来的所有mRNA的总和,包括编码RNA和非编码RNA。基于新一代高通量测序平台的转录组测序能够全面快速地获得特定组织某个状态下的几乎所有的转录本及基因序列,发现可变剪切、新的基因或转录本。

主要研究方向
  • 转录本结构研究:UTR鉴定、Intron边界鉴定、可变剪切研究、Start codon鉴定。
  • 非编码区域功能研究:non-coding RNA研究、microRNA前体研究等。
  • 基因转录水平研究。
  • 全新转录区域研究。
    技术优势
  • 数字化信号:直接测定每个转录本片段序列,单核苷酸分辨率的精确度,同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
  • 高灵敏度:能检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
  • 任意物种的全基因组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析。
  • 更广的检测范围:高于6 个数量级的动态检测范围,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。
    样品要求
  • 样品浓度:总RNA样品浓度不低于400 ng/ul,总量不低于20ug,并进行去蛋白及DNase处理。
  • 样品纯度:总RNA样品OD值在1.8-2.2之间,制备样品时请不要使用LiCl沉淀。建议在条件允许情况下,提供可供两次样品制备的量,以保证测序的按时进行。
  • 需提供每个样品具体的浓度、体积、溶剂成分、制备时间以及物种来源,同时附上QC数据,可包括电泳胶图、分光光度或者Nanodrop仪器检测数据、Agilent Bioanalyzer仪器检测数据等(我们要求至少要有其中一种的检测结果),确保总RNA 28S:18S至少大于1.8;Agilent Bioanalyzer仪器检测获得的RIN≥8,基线平滑,没有上抬。
  • 总RNA样品最好在进行Solexa样品制备前1个星期前寄出。
样品运输要求
  • 样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管(或其他固体支撑物)中,再将50 ml管放在封口袋中。
  • 使用足量的干冰运输(建议尽量选用较大块的干冰,大块的干冰挥发较慢),并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。
  • 如果条件许可,可在邮寄的箱子上下添加部分棉花,以保证尽量隔绝热量的传递。
  • 不建议将RNA样品溶于异丙醇等有机溶剂中邮寄,这样很容易造成交叉污染。
公司简介
百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月,是一家高新技术企业,公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术,拓展出了高通量测序、生物云平台、质谱检测、智能制造四大业务板块;拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队;公司自成立以来,注重创新发展,科研成果成果层出不穷,先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Advanced Science》、《Nature Communications》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇,累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项,软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台,满足科研工作者多种科研需求,努力打造基因产业国际一流企业,“为世界创造新的可能!”

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