测序/合成

Chip-seq

基本信息
服务名称：
Chip-seq
英文名称：
参考报价：
服务商：
北京百迈客生物科技有限公司
总点击数：
1391
更新日期：
2013-08-26
服务类别：
测序/合成
服务详情

Chip-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（Chip）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

基本分析
对测序结果进行图像识别（ Base calling ），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（ Reads ）长度、 Reads 数量、数据产量。
 

高级分析
 1)ChIP-Seq 序列与参考序列比对；

 2) Peak calling ：统计样品 Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；

 3) 统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；

 4) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释；

5) 在多个样品间，对与 Peak 关联基因做差异分析。  

由于 ChIP-Seq 的数据是 DNA 测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：

1) 判断 DNA 链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；

 2) 检测 RNA polymerase II 及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；

 3) 研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系； 

 4) CTCF 转录因子研究。

 

公司简介
百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月，是一家高新技术企业，公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术，拓展出了高通量测序、生物云平台、质谱检测、智能制造四大业务板块；拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队；公司自成立以来，注重创新发展，科研成果成果层出不穷，先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Advanced Science》、《Nature Communications》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇，累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项，软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台，满足科研工作者多种科研需求，努力打造基因产业国际一流企业，“为世界创造新的可能！”
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