测序/合成

宏基因组测序

基本信息
服务名称:
宏基因组测序
英文名称:
参考报价:
总点击数:
1095
更新日期:
2013-08-27
服务类别:

服务详情
  • 宏基因组测序是对特定生境样品中微生物群体基因组进行序列测定,进而分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体多样性与丰度,探求微生物与环境,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。
     
  • 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,可以根据合作老师的具体要求灵活安排实验,周期短,质量可靠;
  • 技术人员经验丰富,可在第一时间内为合作老师提供完善的实验方案,解决实验问题,分析实验结果;
  • 拥有专业的生物信息分析团队和大型计算机设备,能够提供个性化的生物信息分析服务。

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  • 物种鉴定
    将所得的16S/18S rDNA序列与Silva、RDP等数据库进行比对,得出样品中所含物种的信息;
  • 多样性统计学分析
    将所得的16S/18S rDNA序列进行聚类,得到相应的OTUs(分类操作单元)。通过统计学手段,分析出环境样品中的主要成分及不同样品间的明显差异因素。结合物种鉴定,可以得到关键菌群;
  • 宏基因组拼接
    对环境样品DNA进行大规模测序后,通过严格的拼接方式,可获得较长的DNA片段。当样品的生物多样性较低,且达到一定测序通量后,很有可能直接获得一个或多个微生物基因组草图;

     
  • 功能分析
    将所得序列与已有的数据库进行比对,并进行基因功能的注释。其中,常用的数据库包括NT、NR、GO、COG、KEGG、SEED、Swiss-Prot等;
     
  • 微生物群落结构及功能
    通过大量测序,可以获得样品的群落结构信息,如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等。通过实验还可以确定一些特殊的主要基因或DNA片段。对于多个样品,还可做相应的比较分析,发掘样品间的相同点与不同点。
     

  • 样品要求:管上请注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。同时需详细填写样品信息单,提供nanodrop, Gel-Electrophotometric,或者Aglient中一种或多种形式的样品分析结果;
  • 样品纯度:260/280值应在1.8~2.0 之间;OD260/230在2.0左右;
  • 样品浓度:样品的浓度越高越好,最低不应低于100ng/ul;
  • 样品的量:样品制备需要大于25 ug 基因组DNA样品;
  • 电泳检测:主带清晰,无降解或有部分降解,无RNA和蛋白污染;
  • 我们收到样品后,需要对样品进行检测,最终样品的量和纯度,以我们的检测结果为准;
  • 在运输过程中,最好放在干冰中,时间不要超过72小时,如果利用冰袋运输,则时间最好不要超过24小时;且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染;
  • 请客户仔细纯化样品,尽量避免污染进入,并请客户将所送样品保留备份。
  • 项目完成,数据提交给客户后,我们将不再保存样品,如有样品剩余,客户需要样品,请在项目进行前以书面或邮件的形式正式说明,并在项目结束后一周内将样品拿走,逾期我们将不予保留。
样品运输要求
  • 样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管(或其他固体支撑物)中,再将50 ml管放在封口袋中。
  • 使用足量的干冰运输(建议尽量选用较大块的干冰,大块的干冰挥发较慢),并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。
  • 如果条件许可,可在邮寄的箱子上下添加部分棉花,以保证尽量隔绝热量的传递。
  • 为了您的实验顺利进行,请您务必填写样品信息单。
公司简介
百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月,是一家高新技术企业,公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术,拓展出了高通量测序、生物云平台、质谱检测、智能制造四大业务板块;拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队;公司自成立以来,注重创新发展,科研成果成果层出不穷,先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Advanced Science》、《Nature Communications》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇,累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项,软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台,满足科研工作者多种科研需求,努力打造基因产业国际一流企业,“为世界创造新的可能!”

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