DNA甲基化检测
概念和原理:
DNA甲基化是基因表观修t币方式之一。在人类的表观遗传学研究中,最常见的就是CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化修饰。这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。亚硫酸氢盐反应能够使DNA片段中未甲基化的C与亚硫酸氢钠发生反应,C变成U,经PCR扩增,U变丁,而甲基化的C不发生反应,保持不变,从而与未甲基化的C区别开来。目前王要的研究方法也是基于亚硫酸氢盐的处理。本公司提供的甲基化检测有MSP、BSP和HRM方法。
l 甲基化特异性的PCR( methylation-specific PCR,MSP)
MSP是Herman等(1996)在使用亚硫酸氢盐处理的基础上建立的一种方法。该方法在甲基化区域设计甲基化特异性的引物对(MPrimers)和非甲基化的引物对(U Primers),使用M Primers和U Primers进行PCR扩增并检测此MSP扩增产物,如果使用MPrimers能扩增出片段,则说明该被检测的位点存在甲基化;若用U Primers扩增出片段,则说明被检测的位点不存在甲基化。该方法是一种简便的、特异的、敏感的检测单基因甲基化的方法,可用于高通量样品基凶特异位点甲垦化的检测。
l 直接测序法( bisulfite sequencing PCR.BSP)
BSP法是Frommer等(1992)提出的DNA甲基化研究方法。该方法首先用重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的C脱氨基转变成U,而甲基化的C保持不变,设计引物进行PCR扩增所需片段,则U全部转化成T。最后,对PCR产物进行测序并且与未经处理的序列比较,判断是否CpG位点发生甲基化。该方法是是目前新甲基化位点的寻找和基因特异位点甲基化的检测最可靠方法之一。但该方法需要大量的克隆测序,过程较为繁琐、昂贵。
l 高分辨率熔解曲线分析技术( high resolution melting.HRM)
HRM是近年来兴起的一种甲基化检测的新方法。基本原理是在非CpG岛位置设计一对针对亚硫酸氢盐处理后的DNA双链的引物,这对引物中间的片段包含感兴趣的CpG岛。若这些CpG岛发生了甲基化,用亚硫酸氢盐处理后,未甲基化的C经PCR扩增后转变成T.而甲基化的C不变,样品中的GC含量发生改变,从而导致熔解温度的变化。
科研和临床应用
l 肿瘤的早期预测、分类分级、预后评估及多种疾病的分析。
l 转录水平分析:位于启动子区域的甲基化一般会抑制转录。
l 细胞凋亡等调控机制的研究。
标本采集、保存、运输
l DNA样品,如需长途运输,可将检测合格的样品编号密封,注意切勿泄漏,冷冻运输。
l 组织和细胞样品,采样后立即用液氮速冻,于-80℃保存,冷冻运输。
l 血液样品:新鲜全血EDTA抗凝或枸椽酸钠抗凝,2-8℃48 h内运送到实验室,如不能立即运送,样品采集后于-20℃或-80℃保存,冷冻运输。
客户须知
l 细胞(≥1×IOn个)、组织(≥300 mg)、血液(≥1 ml)、血清(≥1.5 ml)等样品,基因组DNA(体积≥20川,;农度≥50 rigMI,用ddH20溶解DNA)。
l 客户需提供检测目的基因的名称、序列或者Genbank序列号。
报告形式
报告单包括:检测方法、检测结果(MSP电泳图片、BSP测序结果或HRM熔解曲线)、检测结果解释(检测区域是否发生甲基化),如下:
检测方法:MSP法
检测结果:2%琼脂糖凝胶电泳图
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