人类外显子组测序解决方案
外显子组测序是利用特制的探针对研究感兴趣的编码区域DNA或某段特定序列进行捕获,富集后进行高通量测序的基因组分析方法。该方法能够获得指定外显子目标区域的遗传信息,极大的提高了基因组中外显子区域的研究效率,显著降低了研究成本。主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区域内的结构变异。结合成熟的公共的外显子数据,有利于更好地注释变异结构之间的关联和致病机理。
硬件需求
外显子组样本量较多,要求有执行并行任务能力的计算机硬件资源,因此建议采用多节点集群规划。
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解决方案概要
测序数据质量控制 | FastQC 、PringSeq |
测序数据预处理 | FASTX-Toolkit 、Cutadapt |
与参考序列比对 | BWA、Bowtie |
变异检测 | GATK、Samtools、SOAPsnp、PennCNV |
变异注释 | VCFtools、ANNOVAR、SnpEff、VEP(Ensembl) |
单位名称: |
详细地址:
北京市朝阳区大屯路甲21号天创世缘B2座13层1301-3室
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