真菌基因组测序服务
真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品，由于基因组较大且比较复杂，推荐先对真菌样品进行初级组装，再根据初级组装的结果进行高级组装，以提高组装质量。根据组装结果，可预测真菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。
根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，真菌基因组测序提供以下两种产品类型：真菌框架图、真菌精细图。
生物信息分析内容
1、数据质控
2、Denovo组装
3、基因组组分分析（基因预测、重复序列、非编码RNA）
4、基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）
5、致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy）
6、比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）
技术参数
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产品类型 |
测序平台 |
测序深度 |
建库策略 |
指标 |
项目周期 |
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真菌框架图 |
HiSeq PE150 |
≥100X |
小片段文库（350bp） |
初级组装 |
30个工作日 |
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真菌精细图 |
PacBio为主，与HiSeq等其他平台结合 |
小片段文库（350bp）≥100X 大片段文库（10K）≥100X |
小片段文库（350bp）+ 大片段文库（10K） |
简单基因组，Scaffold N50≥500K 复杂基因组，Scaffold N50≥300K |
60个工作日 |
送样要求
样本类型：基因组DNA
样本要求：
DNA小片段文库：总量≥2 μg，浓度≥50 ng/μL
DNA大片段文库：总量≥30 μg，浓度≥100 ng/μL
其他要求：DNA无降解，无RNA 、蛋白质等杂带污染
深圳承启生物科技有限公司
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地址：深圳市南山区泰邦科技大厦15C
承启生物是一家汇集世界顶尖科研成果、立足珠三角地区、辐射全球的高科技生物公司。公司拥有完全自主研发、已被学界公认的超高精度基因测序分析算法，致力于用领先业界的基因研究技术造福科研及医疗。
本公司的核心技术团队由在分子生物学、大规模测序、生物信息学、临床医学等领域的做出突出贡献的专家组成，他们在国内外具有相当的知名度和学术影响力。该团队在国际上首次建立了一系列基于大规模测序的高精度实验与应用技术，可以为科研和医疗领域的单位客户或个人客户提供方便快捷、准确详尽、高度定制化的大规模精确测序与信息分析服务。
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