small RNA测序
欧易特色
● 高度灵活性:可研究任一17~35 nt之间小RNA分子
● 高度精确性:可精确到单核苷酸水平,非常有利于区分高度同源的小RNA分子和鉴定小RNA的多态性
● 检测动力学范围广:可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析,有利于低丰度小RNA差异表达的研究
● 数据质量高:深度测序保证了抽样随机性,可靠性和重复性高,与实时定量PCR结果具有较高的一致性
small RNA测序项目流程
数据分析内容
标准数据分析
● small RNA测序数据预处理 ·数据处理统计 ·Reads长度分布统计·Reads拷贝数统计
● 序列比对注释高质量Ref tag构建
·参考基因组比对 ·miRBase数据库比对注释·Rfam数据库比对 ·Gene比对 ·Repbase比对·Reads分类注释汇总
● 已知miRNA鉴定 ● 新miRNA预测·新miRNA预测 ·新miRNA二级结构预测
● miRNA差异分析(已知/新预测)·miRNA表达量统计 ·miRNA差异筛选
● 差异miRNA靶基因预测(已知/新预测)
·差异miRNA靶基因预测
·差异miRNA靶基因GO富集分析
·差异miRNA靶基因KEGG富集分析
small RNA测序样品要求
● Total RNA:≥2 μg
● OD260/280为1.8-2.2
● 适用范围:真核生物(有、无参考基因组皆可)
单位名称: |
详细地址:
上海浦东张江高科技园区祖冲之路1505弄138号6层
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