宏基因组测序服务
服务详情
- 宏基因组测序
宏基因组是基于高通量测序技术，对特定环境样品中微生物total DNA进行检测，经过序列组装和基因注释研究，完成全基因组分析。研究内容包括微生物多样性、群落结构、物种分类、进化关系、基因功能、相互关系和微生物与宿主、环境之间相互关系的技术。
相比扩增子测序，宏基因组分析可以深入到菌株层次进行相关检测，发现近缘菌株；同时，宏基因组测序的检测范围不受物种种类限制，覆盖面更为广泛。除了微生物多样性研究之外，宏基因组还能对微生物群落的功能进行注释和分析，结合宏转录组测序更能深入研究其活性成分的功能组成。此外，从功能基因出发，宏基因组可以进一步分析群落中微生物关系，发现致病机制相关重要菌株。
优点
² 宏基因组不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；
² 可以得到环境中丰度较低的，甚至是痕量微生物的信息，为研究低丰度微生物提供了途径；
² 宏基因组学引入了宏观生态的研究理念，对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究，可以更准确地反应出微生物生存的真实状态。
实验流程
送样要求
² 土壤：10 g；血液：10 mL；污泥/沉积物：5-10 g；
² 粪便：3-5 g，收集后-20℃保存；
² 水体：原始状态40mL装入50mL离心管或注射器，使用0.2μm滤膜过滤，-20℃保存；
² DNA：总量 ≥ 1 μg、浓度 ≥ 10 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0。
生物信息分析流程
生物信息分析内容
原始数据过滤、拼接及结果统计基因预测、非冗余基因集构建、物种注释、基因功能注释
eggNOG 注释、KEGG 注释、CAZy 注释、抗生素抗性基因注释、分级注释丰度差异分析、多样品间 eggNOG 功能比较、多样品间 KEGG 功能比较、丰度差异 KEGG 富集分析、丰度差异分级注释聚类分析、物种丰度注释、稀释曲线、Alpha 多样性分析、物种丰度差异分析、多样品间物种组成聚类分析、多样品间物种组成 PCoA 分析、多样品间物种组成 PCA 分析、多样品间物种组成 NMDS 分析、Venn图、ANOSIM相似性分析、LEfSe分析、RDA/CCA分析、Wilcoxon显著性差异分析、宏基因组物种（MGS）分析、肠型分析
生物信息分析结果展示
公司简介
深圳中科普瑞基因科技有限公司，由基因科技领域的老兵组成的新军。企业创始人与核心骨干团队均从事该行业15年以上，目前着力布局基因检测的临床应用开发与科研技术服务平台。
中科普瑞下设全资子公司上海鲸舟基因科技有限公司/上海鲸舟医学检验所；立足新一代测序及其衍生技术，以医学生物信息学为核心，以各联合创始人在生物技术领域十余年工作和技术积累为资源依托，提供覆盖肿瘤等重大疾病风险评估，早期筛查，分子病理诊断，用药指导和预后预测，甲基化研究和应用、新型病原微生物感染和耐药的基因组检测等符合临床需求的解决方案，同时通过资本的纽带连接，打通上下游产业链，为精准医疗打造全方位医学诊断和服务平台，公司的中长期发展策略为医学大数据挖掘和人工智能的临床辅助诊断应用，公司的愿景是为每一个病患打造精准医疗路线图，为每一个健康人描绘基因风险预测全景，携带你的基因去远行！
公司以深圳及上海两地实验室为依托，目前已诚意推出两大品牌产品：分别为面向大众健康服务的“轻基因LightGenes”及针对临床诊疗服务的“普瑞昂科PrecisionOnco”，向国内外生物医学领域提供肿瘤等疾病用药指导及预后预测基因检测、重大疾病遗传风险评估、及符合临床需求的解决方案。
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