长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。lncRNA曾被比喻为宇宙的暗物质，最近几年的研究发现它参与多种生物学过程，是维持基因功能的重要基础，与多种复杂疾病相关。但仍有大量lncRNA的具体作用机制尚不清楚，这也使得lncRNA成为当前的科研热点。
       基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：
1、芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。
2、lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
      SBC是国内最早从事基因芯片研发，也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA分子特点，专门针对lncRNA研究设计了可同时检测lncRNA和mRNA的lncRNA+ 芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。

芯片设计策略
       设计收录了相关数据库信息和高质量文献报道的lncRNA，去除冗余，并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq，RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中表达的lncRNA，HGNC收录及lncRNAdb收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。基于earray软件设计探针，并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check，保证探针高特异性区分mRNA和lncRNA。

Human lncRNA芯片设计流程图
 

 

芯片特点
1、lncRNA检测技术成熟、灵敏度高，芯片比测序更适合检测低表达量的lncRNA
2、收录lncRNA全面、可靠，并及时更新；lncRNA注释全面、实用
3、实验周期短，数据分析方法成熟、快速
4、功能机制预测，为深入研究lncRNA生物学功能提供参考，包括：
· 高保守lncRNA
· lncRNA结合蛋白预测
· lncRNA生物学功能预测
· lncRNA亚细胞定位
· 疾病相关lncRNA预测
· super enhancer lncRNA
· enhancer lncRNA

芯片技术参数

样本要求：RNA≥200 ng ； 物种：人、小鼠