SBC ceRNA芯片
服务详情
■ SBC ceRNA芯片
环状RNA（circRNA）在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员，lncRNA研究也正如火如荼，复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径？ SBCﾠceRNA芯片是一个“全转录组+”产品，不仅同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和编码蛋白的mRNA,并同时获得circRNA、lncRNA功能预测结果，为进一步功能研究提供参考。circRNA、lncRNA作为竞争性内源RNA（ceRNA），竞争性结合miRNA，从而调控miRNA靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在，ceRNA芯片也同样是ceRNA研究的不二之选。
基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA、circRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：
1、芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA、circRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。
2、lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
3、circRNA具有特殊的环状结构，但其线性序列和线性基因难以区分，需要单独的去线性建库才能利用RNA测序来检测circRNA，不能同时检测多种RNA。
SBC是国内较早从事基因芯片研发，也是较早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA、circRNA分子特点，专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。
芯片设计策略
设计收录了circBase数据库的circRNA信息，并针对circRNA反向剪接位点设计特异性circRNA探针。
LncRNA同样收录自新的数据库和高质量文献报道，去除冗余，并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq，RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中的表达量的lncRNA，HGNC收录及lncRNAdb 收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。
基于earray软件设计探针，并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check，保证探针高特异性区分mRNA、circRNA和lncRNA。
环状RNA（circRNA）在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员，lncRNA研究也正如火如荼，复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径？ SBCﾠceRNA芯片是一个“全转录组+”产品，不仅同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和编码蛋白的mRNA,并同时获得circRNA、lncRNA功能预测结果，为进一步功能研究提供参考。circRNA、lncRNA作为竞争性内源RNA（ceRNA），竞争性结合miRNA，从而调控miRNA靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在，ceRNA芯片也同样是ceRNA研究的不二之选。
基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA、circRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：
1、芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA、circRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。
2、lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
3、circRNA具有特殊的环状结构，但其线性序列和线性基因难以区分，需要单独的去线性建库才能利用RNA测序来检测circRNA，不能同时检测多种RNA。
SBC是国内较早从事基因芯片研发，也是较早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA、circRNA分子特点，专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。
芯片设计策略
设计收录了circBase数据库的circRNA信息，并针对circRNA反向剪接位点设计特异性circRNA探针。
LncRNA同样收录自新的数据库和高质量文献报道，去除冗余，并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq，RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中的表达量的lncRNA，HGNC收录及lncRNAdb 收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。
基于earray软件设计探针，并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check，保证探针高特异性区分mRNA、circRNA和lncRNA。
Human ceRNA芯片设计流程图
芯片特点
1、一箭三雕--可同时检测circRNA、lncRNA和mRNA
2、circRNA探针设计在反向剪接位点，特异性强
3、技术成熟、灵敏度高：芯片比测序更适合检测表达量低的lncRNA、circRNA
4、实验周期短，数据分析方法成熟、快速
5、收录lncRNA、circRNA全面、可靠，并及时更新
6、功能机制预测，为深入研究circRNA、lncRNA生物学功能提供参考，包括：
· 高保守lncRNA
· lncRNA结合蛋白预测
· lncRNA生物学功能预测
· lncRNA亚细胞定位
· 疾病相关lncRNA预测
· super enhancer lncRNA
· enhancer lncRNA
· 疾病相关circRNA预测
芯片技术参数
样本要求：RNA≥200 ng ； 物种：人、小鼠
■ SBC circRNA芯片
探针设计策略同ceRNA芯片中circRNA探针设计，单独对样品中的circRNA进行检测。
芯片技术参数
样本要求：RNA≥200 ng ； 物种：人、小鼠
1、一箭三雕--可同时检测circRNA、lncRNA和mRNA
2、circRNA探针设计在反向剪接位点，特异性强
3、技术成熟、灵敏度高：芯片比测序更适合检测表达量低的lncRNA、circRNA
4、实验周期短，数据分析方法成熟、快速
5、收录lncRNA、circRNA全面、可靠，并及时更新
6、功能机制预测，为深入研究circRNA、lncRNA生物学功能提供参考，包括：
· 高保守lncRNA
· lncRNA结合蛋白预测
· lncRNA生物学功能预测
· lncRNA亚细胞定位
· 疾病相关lncRNA预测
· super enhancer lncRNA
· enhancer lncRNA
· 疾病相关circRNA预测
芯片技术参数
样本要求：RNA≥200 ng ； 物种：人、小鼠
■ SBC circRNA芯片
探针设计策略同ceRNA芯片中circRNA探针设计，单独对样品中的circRNA进行检测。
芯片技术参数
样本要求：RNA≥200 ng ； 物种：人、小鼠
公司简介
上海生物芯片有限公司成立于2001年8月，公司由上海科技创业投资（集团）有限公司、上海张江（集团）有限公司、中科院上海有关院所、上海交通大学等在上海的国内知名大学、研究所、医院和企业共同组建而成，经国家发展与改革委员会批准公司建设和运行“生物芯片上海国家工程研究中心”，是我国生物医药领域规模最大的生物技术国家工程研究中心之一，是全国生物样本标准化技术委员会（TC559）、中国医药生物技术协会组织生物样本库分会（BBCMBA）与中国抗癌协会肿瘤样本整合研究分会的秘书处与主任委员单位。
通过二十余年的建设和发展，公司（中心）确立了以生物样本库、基因芯片、高通量测序、蛋白芯片、组织芯片、数字化病理、分子病理与生物信息学为核心平台的技术创新服务体系，以分子医学检测技术和分子诊断产品研发生产为核心竞争力的产业化体系，形成科研和药物研发技术服务、分子诊断产品研发生产销售和分子医学检验三大主营业务，公司（中心）具备科研及公共技术平台服务优势、成熟的科技成果转化服务能力、国家工程研究中心品牌影响力等强大的自身资源及优势。
通过二十余年的建设和发展，公司（中心）确立了以生物样本库、基因芯片、高通量测序、蛋白芯片、组织芯片、数字化病理、分子病理与生物信息学为核心平台的技术创新服务体系，以分子医学检测技术和分子诊断产品研发生产为核心竞争力的产业化体系，形成科研和药物研发技术服务、分子诊断产品研发生产销售和分子医学检验三大主营业务，公司（中心）具备科研及公共技术平台服务优势、成熟的科技成果转化服务能力、国家工程研究中心品牌影响力等强大的自身资源及优势。
售后服务
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