测序/合成

空间转录组技术服务

基本信息
服务名称:
空间转录组技术服务
英文名称:
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总点击数:
578
更新日期:
2025-01-26
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空录组技术服务
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空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是在二维平面上定位 mRNA-seq 数据的技术。常规的转录组测序可以揭示 mRNA 的表达信息,但无法获得准确定位;常规的染色显影技术可以揭示特定组织区域的分子特征,但不包含准确、完整的 mRNA 表达谱信息。为了弥补这个技术缺憾,在一次实验中同时获取 RNA 的表达信息和 RNA 的空间位置,空间转录组学的方法便应运而生。
 2016年,空间转录组技术在  Science 杂志上首度登场,在不久后的 2020 年就被 Nature Methods 杂志选为当年的年度方法(Methods of the Year)。
斑马鱼科技出空间转录组技术服务,助力您更好地了解生物学过程和疾病的空间定位。
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空间转录组技术亮点优势:
  • 通过分析同一组织切片的组织学特征和 mRNA空间表达情况,可以发现新的组织生物标志物。
  • 通过转录组分析,可以揭示新发现的细胞流行、细胞状态和生物标志物的空间排布。
  • 通过于预先设计的靶基因组合,可以验证之前发现的结果,或关注所有与靶基因相关的基因。
  • 阐明生物学结构,并了解正常组织和病理组织中细胞之间的空间关系。
  • 分析并了解基因表达的空间异质性,等等。


空间转录组测序技术原理:
在我们提供的空间转录组技术服务当中,透化和杂交步骤发生于玻片上的平面捕获区域,其中含有数千个圆点(spot)。在每个圆点中,玻璃基底上覆盖了数以百万计的寡核苷酸序列。这些附着在玻璃基底表面上的寡核苷酸序列末端存在 poly(dT)VN 结构,可以有效捕获含有 poly(A) 尾巴的 mRNA。不同的圆点中的寡核苷酸序列则拥有不同的“条形码”(Barcode)序列,以形成特定的位置定位信息。根据这些空间条形码序列,我们可以将 mRNA 测序结果回溯定位到特定的圆点坐标上,从而实现对 mRNA 表达谱信息的准确空间定位。
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空间转录组测序技术步骤:
1.组织切片,获得约 10 um 厚度的切片
2.传统方法染色成像,如 H&E 染色和免疫荧光染色
3.组织透化(Permeabilization),以从细胞中释放 mRNA
4.杂交,以形成位置信息定位
5.建库和测序
6.数据分析和可视化
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 通过空间转录组技术产生的数据,您可以选择任何感兴趣的基因,并在原始组织切片上显示其空间分辨率的表达。由于所有 mRNA 均得到了检测,因此并不局限于只对单一基因的 mRNA 进行可视化。您可以选择任意数量的基因进行任意组合,一起查看和分析。
 
样本要求
推荐使用新鲜冰冻组织样品,需要满足以下几点要求:
1.样品份数:对于同一来源的样品,建议寄送3份,其中一份用于常规 RNA 提取质检,一份用于实际的空间转录组实验,一份留作备用。
2.样品量:每份样品须小于 6.5mm x 6.5mm x 6.5mm,相当于大约一颗绿豆大小。请勿提供过大或过小的样品,因为样品过大将造成制片困难,无法在单一矩形捕获区域中涵盖整个样品切片;样品过小将造成捕获区域的浪费,且可能导致常规RNA 质检用量不足。
3.样品保存和运输:新鲜组织样本取下后要迅速用预冷的PBS溶液或生理盐水进行冲洗,去除组织表面残留,然后用干净的吸水纸吸干液体,放入用干冰预冷异戊烷(Isopentane)中速冻。切勿将组织直接放在液氮中速冻,以免造成严重形变。速冻后的组织,建议保存在密封的低温冷冻管中,以减少挥发和脱水。低温冷冻管可保存于-80°C冰箱,如需运输请使用干冰包裹。
4.样品物种:
人:脑、乳腺、乳腺*、心脏、肾脏、大肠、肺、肺*、淋巴结、卵巢、脾、脊髓
小鼠:脑、眼睛、心脏、肾脏、大肠、肝、肺、嗅球、卵巢、四头肌、小肠、脾、胃、睾丸、甲状腺、舌
大鼠:脑、心脏、肾脏、嗅球
这些组织类型只**目前内部测试优化的组织,其它组织也可能适用。
 
案例展示
论文标题Spatial CRISPR genomics identifies regulators of the tumor microenvironment
发表期刊:Cell
发表日期:2022年3月31日
该项研究结合运用空间转录组学技术与 Perturb-map 技术,对 CRISPR 编辑后的**组织进行了无偏性的分析。下方截图展示了空间转录组对 KP lesions 的空间区分,每个带颜色的小点为空间转录组中直径约 55μm 的圆点。
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论文标题Mapping human haematopoietic stem cells from haemogenic endothelium to birth
发表期刊:Nautre
发表日期:2022年4月13日
该项研究结合运用空间转录组学技术与传统染色成像,揭示了人类造血干细胞分化发育的全过程。下方截图展示了空间转录组对多个不同基因的空间区分,每个带颜色的小点为空间转录组中直径约 55μm 的圆点,背景为 H&E 染色的成像结果。
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公司简介

斑马鱼(北京)科技有限公司,是实验室整体解决方案的专家,专注于为生命科学、医学研究、药物研发、食品安全、环境分析等领域提供全球先进的实验室仪器设备和试剂。

同时,我们拥有专业的实验室和技术人员,提供单细胞悬液制备、单细胞测序、空间转录组、组织空间原位多组学分析、Olink多重细胞因子及蛋白标志物组学检测、外泌体提取及表征、分子互作检测、细胞影像平台、个性化生物信息分析等实验技术服务。
 
公司主要服务于国家的重点高校和医院建设,重大科学研究和试验发展项目,以及国内外企业的研发机构。主要客户包括清华大学、北京大学、南开大学、郑州大学、哈尔滨工业大学、兰州大学、西安交通大学、中科院、中国医科院、中国农科院、军科院、协和医院、阜外医院、天坛医院、301医院、北大附属医院等。
 
公司积极参与相关领域的学术会议,并定期举办相关仪器设备的技术讲座和培训班,在科研和检测领域产生了积极的反响,获得了良好的口碑。
 
公司总部设在北京市朝阳区鸟巢附近,在西安、郑州、哈尔滨等地设有办事处。拥有业内经验丰富的管理团队和高素质的销售技术队伍,能够为客户提供专业的一站式实验方案,及时解决实验和仪器使用中的疑难问题。
 
公司合作的部分品牌包括:
美国安捷伦:流式细胞仪、BioTek酶标仪、细胞成像微孔板检测仪、Seahorse细胞能量代谢分析仪、xCELLigence RTCA实时无标记细胞分析系统;
美国10x Genomics:单细胞测序、空间转录组、组织空间原位多组学分析;
瑞典Olink:高灵敏多重微量的细胞因子及蛋白标志物分析系统;
美国TA仪器(沃特世公司):ITC等温滴定微量热仪、DSC差示扫描微量热仪;
德国Merck Millipore:微流控细胞芯片分析仪、单分子免疫检测平台;
美国PerkinElmer:小动物活体成像、酶标仪、高内涵成像;
瑞士罗氏诊断:荧光定量PCR、数字PCR、核酸提取系统;
日本基恩士:多功能超景深显微成像系统;
美国ProteinSimple:全自动Western Blot、细胞因子分析系统;
德国Particle Metrix:NTA纳米颗粒跟踪分析仪(外泌体表征);
荷兰Metris:小动物笼内精细行为检测分析系统、小动物超声波发声检测分析系统;
德国Cultex:动物多功能暴露染毒系统,细胞暴露染毒系统;
 
以服务生命科学领域科研事业为己任,以为客户提供优质的完整的实验室解决方案为使命,以客户为中心,以专业人才为保障,为客户提供专业的长期的优良服务。更多相关信息欢迎和我们联系,400-155-1717。


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