sgRNA设计CRO服务
gRNA的设计
gRNA设计的在线工具很多,常用的如张锋实验的CRISPOR(http://crispor.tefor.net/),只需输入目标序列,种属基因组与相应的PAM,则可以得出多个gRNA,以及每个gRNA对应的特异性、切割效率和潜在脱靶位点,一般选择特异性、切割效率得分高的gRNA。
但是很多实验需要根据经验设计sgRNA。如果需要手动设计gRNA,则需要考虑其特异性与切割效率。在靶点设计时要综合考虑所有候选靶点的序列、位置、正负链、GC含量、潜在的脱靶位点等信息。
sgRNA设计的一般流程
1. 分析靶基因信息
2. 选择靶标区域设计sgRNA
3. 脱靶分析
艾迪优势:
1. 10年基因编辑研发经验,3年CRO服务
2. 自主知识产权sgRNA设计逻辑,数千例成功基因编辑sgRNA案例
3. 基因编辑治疗的实践经验
附:sgRNA设计,你需要注意那些问题?
靶基因信息的分析。在NCBI、Ensembl等查询过程中要注意物种的选择和确定靶基因在数据库中的登录号,避免查找错误,再进一步关注其所在基因座上下游基因情况、转录本数量、外显子数量及长度、翻译起始位点与终止位点等信息。
靶区域的选择原则
对于基因敲除可采用移码突变和片段敲除,一般采用移码突变,2种不同策略需遵循以下原则:不影响其他基因,尤其是编码蛋白的基因;所敲除的外显子编码序列之和为非3的倍数;尽可能影响所有的转录本;不会残留蛋白的功能结构域。
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