CRISPR筛选联合单细胞测序
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CRISPR筛选联合单细胞测序
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1400-21000
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更新日期：
2025-08-05
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单细胞测序的原理是通过对每个单细胞的转录组进行高通量测序，来解析不同细胞之间的基因表达差异。这一技术克服了传统群体测序的局限性，能够提供细胞级别的分辨率，揭示同一群体中各个细胞的异质性。单细胞测序在多个领域上都具有巨大的应用潜力，比如研究发育过程中的细胞分化轨迹、肿瘤异质性、免疫细胞的多样性和基因表达调控网络等。
单细胞测序联合CRIPR文库筛选是一个重要的应用方向。在单细胞的分辨率下，通过将sgRNA与转录组情况相关联，直接建立基因扰动、其他基因表达谱和表型三者之间的关系。
艾迪基因主要提供基于10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选解决方案，可以提供从质粒文库构建、病毒文库包装、文库细胞pool构建、功能筛选实验、单细胞测序及生信等服务。除此之外，我们还能提供常规的单细胞测序服务。
▍10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选原理（Direct capture Perturb Seq ）
Direct capture PerturbSeq基于10×Gebomics公司的5′端和3′端的建库方法，开发了5′端和3′端两种检测sgRNA方案。在5′端的检测方案中，针对sgRNA后面的恒定序列设计逆转录引物，逆转录合成sgRNA序列的cDNA，sgRNA-cDNA与其他mRNA-cDNA一同与凝胶微珠上的TSO序列结合，连接上细胞条形码（Cell Barcode，CBC）和单细胞转录本独特的分子标识(unique molecular identifier，UMI)，进行建库测序。在3′端的检测方案中，凝胶微珠上具有CBC、UMI和针对恒定区中特定序列设计的反转录引物，在逆转录过程中合成sgRNA序列的cDNA，并添加TSO序列，与其他mRNA-cDNA一同建库测序。在经过测序后，获得sgRNA与cDNA文库的信息，经过生信分析得到基因扰动与基因调控网络和表型之间的关系。
Replogle, Joseph M et al. “Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing.” Nature biotechnology vol. 38,8 (2020): 954-961
▍10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选的优势
① 以单细胞的分辨率进行检测，直接建立sgRNA与其他基因表达谱和表型之间的关系。
② 相比于传统CRISPR筛选技术或单个基因编辑细胞模型，具有更高的验证效率。
③ Direct capture Perturb Seq的建库测序策略，已搭建出成熟的实验平台，获得的实验结果更为准确。
公司简介
广州艾迪基因科技有限责任公司由多名留学归国博士和生物科技领域精英联合创建，坐落于广州高新技术产业示范基地——科学城。公司专注于发展和优化基于CRISPR/Cas的基因组编辑技术，依托最先进的单克隆打印平台，为用户提供高质量的技术服务和基因编辑产品。 我们坚守“以客户为中心、以奋斗者为本”的原则，秉承“创新、共享”的发展理念，以达到客户对“产品质量的满意，先进技术的满意，售后服务的满意 ”为目标，确保每一位用户都能获得更卓越的体验。 艾迪原则：以客户为中心 以奋斗者为本 艾迪理念：创新 共享 艾迪目标：给生命多一次机会
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