1、Agilent捕获系统

       Agilent SureSelect Target Enrichment System液相捕获，是基于120 mer的RNA寡核苷酸探针或者叫“baits”。Baits上连接的生物素，可以被链霉亲和素标记的磁珠吸附。基因组片段打断后，与baits进行杂交，捕获目标片段。利用磁珠吸附出带有baits的DNA片段后，进行磁珠洗脱、RNA探针降解，最终获得目标区域DNA片段。

图1 Agilent SureSelect捕获流程

       Agilent提供小鼠（All Exon Mouse, 49.6 Mb）、斑马鱼（All Exon Zebrafish, 75Mb）、牛（All Exon Bovine, 54Mb）的外显子捕获芯片，其他物种目标区域都需要进行目标区域定制（定制区域1Kb-24Mb）。

2、NimbleGen捕获系统

       与Agilent的捕获原理类似，NimbleGen采用DNA探针，以高密度探针著称，因此价格也相对较高。NimbleGen对指定区域采用advanced repeat masking方法设计探针，将重复序列区封闭起来，保证了很好均一性（uniformity）和覆盖率（coverage）。如下图所示， NimbleGen利用高密度的50-105 mer的DNA探针来覆盖目标区域。

图2 NimbleGen探针设计示意图

NimbleGen SeqCap EZ Developer可以根据客户要求定制目标区域捕获探针，能捕获高达200Mb的目标区域。另外，还有一些设计好的探针。

表1 NimbleGen SeqCap EZ Developer参数

表2  NimbleGen pre-designed探针

信息分析内容

■  对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads的处理；

■  测序评估（数据比对统计，测序饱和度分析，测序随机性的统计分析，reads 在参考基因上的分布分析）；

■ SNP、InDel 检测，注释和统计；

■ SNP 保守性预测；

■ SNP、InDel 在各基因功能元件上的分布统计。

群体高级信息分析

■  群体SNP检测，注释与统计

■  群体SNP质控（包含base quality，map quality，allele balance，strand bias，mappability，homopolymer，Hardy-Weinberg Equilibrium测试，InDel附近的SNP过滤）

■  选择分析，可选择方法有：FST，Tajima’s D，θп等

■  GO功能注释分析，KEGG通路富集分析（可选；GO功能注释分析默认做，通路富集分析需要基因集基于通路筛选的可做）