测序/合成

细菌 de novo 测序

基本信息
服务名称：
细菌 de novo 测序
英文名称：
参考报价：
服务商：
深圳华大基因科技服务有限公司
总点击数：
274
更新日期：
2022-10-14
服务类别：
测序/合成
服务详情
细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后从头组装。步骤为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量范围的片段，根据不同的测序策略，构建对应大小文库，然后进行大规模测序。最终的组装水平根据研究的需要和细菌本身的特点而定，其中最高的指标是一条contig，即基因组的完整序列。
在组装的基础上，进行基因组组分分析，功能注释等分析，推测ORF是否为真实蛋白编码序列，检查功能位点，分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能，细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制，关键功能基因的重要工具。可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面，可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等；在研究细菌进化方面，可以研究种内进化关系。

产品优势

平台多样：多平台联合应用打造“极致完成图”
交付快速：有完善的分析流程，一键式交付，周期短
附加值高：结题报告文章化，深入挖掘基因组信息
经验丰富：已完成上万个细菌denovo项目，发表细菌基因组文章170多篇。
个性化分析：依据客户需求制定个性化信息分析方案

 技术流程
测序策略

 

 

小片段文库

PacBio / Nanopore文库

细菌de novo

初级组装

1 Gb

-

完成图

1 Gb

1 Gb

信息分析内容

信息分析条款

信息分析内容

基因组组分分析
  • 基因成分
  • 重复序列
  • 非编码RNA
  • CRISPR
  • 前噬菌体

基因功能分析
  • 通用功能注释（默认KEGG、SwissProt、GO，可选Nr，COG)
  • 动物病原细菌致病性和耐药性分析（适用动物病原细菌）
       1. III型分泌系统效应蛋白预测（革兰氏阴性菌）
       2. 综合性抗生素耐药性（CARD）数据库
  • 植物病原细菌致病性分析（适用植物病原细菌）
       1. III型分泌系统效应蛋白预测（革兰氏阴性菌）
       2. 碳水化合物相关酶（CAZy）数据库注释

比较基因组分析（需要参考序列）
  • 结构变异（共线性）
  • 共有基因和特有基因
  • 物种进化（基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统进化树）
  • 基因家族

定制化分析
  • 可结合客户的需求，协商确定信息分析内容
公司简介
华大科技于2012年完成整合，致力于成为全球生命科学研究机构的首选科技服务商，为从事生命科学研究的机构和企业提供高质量、行业领先的基因测序、质谱、合成生物学、生物数据库、云计算等标准化的技术服务和综合的全流程解决方案。 目前，公司服务已经覆盖了全球100多个国家和地区，拥有7,000多位合作单位，为25,000多位行业联系人提供了杰出技术支撑与服务，更通过深度合作完成了一系列大型基因组科研计划和国际多边合作项目。科研积累上，截至2020年9月底，公司累计参与发表近1,500篇文章，其中CNNS 120+。截止2022年3月，华大自主测序平台DNBSEQTM 助力发表2,013+篇高质量文章，影响因子合计8,800+，并实现CNS三大主刊发文。
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